以微妙智慧和深入周详的观察所得来的认识，能超越和否定用粗略智慧和下等的观察所得到的知识。比如在物理学界，以前人们经过分析观察后，以为物质是由分子组成的，但后来经再详细的观察又认为是由更基本的原子组成的，并形成了一套相应的理论，到现代科学家们又发现原子是由中子、质子、电子或是更细微的夸克组成的，对这些更深层基本粒子进行更深入的研究，所建立起来的量子力学则又推翻和超越了以前的理论。而佛教中以系统严密的理论和方法，能使修习止观者的心智摒弃一切杂念陋习，到达最为清明敏锐的纯净智慧状态，这种状态下所得的“认知”，是一切世俗科学家与哲人们无法达到的层次。同样对于佛教内部的各宗各派也有不同层次（为适应众生不同根基意乐，故佛宣说了不同层次的法门），比如小乘的有部经部宗，能把万事万物分析为无方微尘（即无有任何方位不可再分的微粒），时间为刹那之性，以此对于执著万事万物为恒常实有的世间观点，此宗能加以破斥；但对于此宗所建立的实有微尘，大乘唯识宗则能用更深入的观察而破斥，建立起更为细微的心体；对于唯识宗所建立的成实心体，中观宗则用“离一多因”等理论来观察能破除，故能破除一切的实法。

以佛教的缘起观能了知一切万物在胜义中不生不灭，世俗中无欺显现种种现象。未观察分析前，存在各种显象，若进行细致分析，则得不到一个实有的物体。比如单个氧原子和由二个氧原子结合成的氧气（O2）都没有任何气味，若集合成三个氧原子（O3）时，出现一种臭气，科学家想观察这个臭气从哪里来？析离为单个氧原子时皆无有，但三个氧原子聚合时却是现量获得，因此他们觉得这是一种谜。佛教认为这臭气是因缘聚合而产生，佛陀早就在《般若二万颂》里告诉我们：“只要因缘聚合，就必定会产生因业力所显现的轮回妄相。”

一般来说，智慧比较微妙，观察得就深刻一些，理论也就趋向于深奥，一般人也就比较难于理解领悟了。比如在当今科学界，美国得克萨斯州州立大学的量子力学专家威勒博士，他在对微观世界的实验观察中证实，“只有受到观察，才有存在，若无观察，就无物存在！”这就是量子力学里面的“观察者促变律”。又比如在太空物理学方面，普林斯敦大学宇宙学家理察德·葛特发表的一种有关宇宙最初形成过程的“大泡泡学说”认为：超级宇宙是从虚无形成的。从科学上这些发现和学说来看，那些物理学家们是不是正在制造一个又一个的“神话”呢？对于那些愚昧无知的人们来说，一切比较深奥微妙超出他们想象的学说和发现，也许就是一个个天方夜谭般的神话，因对佛法不理解而把佛教里的一切都说成是神话，这种奇谈怪论现在看来也就不足为怪了。

一般平凡的世间人对事物不作详细观察，只是以所见所闻的现量为准，所以对科学家经过深入观察所建立起来的观点，一般世间人是无法与其辩驳的。同样，佛教理论是经过佛菩萨多劫长时间的深入思维才建立起来的，并且历代祖师大德们的修证体验无不证明着佛陀所说的每一句话皆千真万确，所以，纵然是世界上所有的科学家一齐都来观察佛经的内容，他们也无有真实充足的理由来进行辩驳的，更何况说世界上一般的普通人呢！

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