佛教最早传入青海藏区的历史可以追溯到公元7世纪中叶。公元641年，唐文成公主入藏联姻，途经今玉树藏族自治州玉树县巴塘乡西北约4公里处的贝沟南端，休整一月，公主命随行工匠在当地丹玛岩崖上雕刻出大日如来等9尊佛像，并在今巴塘乡扎隆沟的仁青楞寺附近和巴塘乡境内的邦同滩分别建佛塔一座。据玉树结古寺僧人桑杰嘉措的《大日如来佛记摩崖释》载，唐中宗景龙四年(710)，唐蕃再次联姻，金城公主入藏又经玉树巴塘，见文成公主原刻佛像被风雨剥蚀，遂令随从人员于佛像上盖一佛堂。唐开元十八年(730)，又派人摹刻佛像，修缮殿堂，此即现存的大日如来佛堂，亦称“文成公主庙”。此后于天宝年间，吐蕃势力进一步东渐，夺取唐河西、陇右地区，青海藏区随着吐蕃势力的扩张，出现过一些小型寺院、佛堂并不断有佛塔建立。如在玉树安冲地区建成格沙拉唐佛堂的邬金佛塔。在东部河湟地区有不少吐蕃的戍边军士，也将佛教传播到这里，这些军士后裔居住的地方，称“噶玛洛”。据《安多政教史》载，吐蕃赤德祖赞(热巴巾)曾北征到青海，在今贵德县城西北隅建成乜纳塔。又据一些藏文史籍记载，藏饶赛、玛尔释迦牟尼、约格迥“三贤哲”来青海后活动于化隆、尖扎等地，还去过今乐都县的央宗坪，晚年住今互助土族自治县白马寺，后去世于今西宁大佛寺。喇钦·贡巴饶赛定居丹斗，收徒传教，最后去世于玛藏岩洞。拉隆·贝吉多杰逃来青海后传教于同仁等地，相传他收徒8人，其中一位名叫色加哇·绛曲智布的人在年都乎曲玛村创建当格乙麻寺。因此在藏语系佛教史上，喇钦·贡巴饶赛和他的几位师傅及其弟子的传教活动，是揭开西藏佛教“后弘期”序幕的主要人物，丹斗寺等是西藏佛教的发祥地。

　　宋真宗咸平五年(1002)河湟地区大喇嘛李立遵、邈川首领温逋奇从河州劫持西藏吐蕃王室后裔唃厮啰至廓州立为赞普。1023年唃厮啰带领属下迁徙邈川，后进驻青唐城，建立唃厮啰政权，延续百余年。青唐作为首府，成为河湟一带政治、军事、经济、文化和宗教活动的中心。唃厮啰笃信佛教，其名即为藏语佛子之意，他的军政议事殿堂供奉“金冶佛像，高数十尺，饰以真珠，覆以羽盖”。他利用佛教巩固他的社会地位，为其政权服务。他资助僧人“建佛祠”，当时青唐“城中之屋，佛舍居半”，“有大事必集僧决之”，有一些僧人还成了部落首领和统兵打仗的军事领袖，更对佛教的传播起了促进作用。这一时期，藏语系佛教各派相继形成，各派系的许多创始人及其传法弟子到处传法建寺，空前活跃，青海藏区随之出现一大批寺院，著名的如今玉树县的禅古寺、当卡寺、龙喜寺、卓玛邦杂寺，今囊谦县的杂那寺、根蚌寺、达那寺，今称多县的康觉寺、群则寺等。

　　1247年，萨迦班智达贡噶坚赞在凉州与蒙古阔端相会，西藏归顺元朝，后来八思巴罗追坚被元世祖忽必烈尊为帝师，领总制院掌管天下释教，取得西藏地区政治、宗教的领袖地位，从而为藏语系佛教的进一步发展传播创造了条件。萨迦四祖曾在今青海省贵德县修建珍珠寺，1265年八思巴返回西藏途中，经今玉树地区，1268年从萨迦回大都，又经玉树。他曾将一批他派寺院改为萨迦派，并由其弟子阿宁胆巴等创建今称多县的尕藏寺、邦夏寺、东程寺，今玉树县的昂普寺、隆庆寺等，他自己还亲临根蚌寺、宗达寺等著名寺院讲经传法，赐赠佛像法器，颁发保护寺产的法旨，大力支持各派寺院发展。同时，萨迦派还在今湟中县境内建成西纳寺，在今尖扎县境内建成古哇寺，在今同仁县建隆务寺。其他如噶当派在今黄南藏族自治州同仁县年都乎乡建夏卜浪寺，在今化隆回族自治县查甫乡建夏琼寺；宁玛派在今海南藏族自治州共和县建当家寺；噶举派支派止贡噶举在今玉树县仲达乡建嘎拉寺、让娘寺,在安冲乡建邦郭寺；噶举派支派拔戎噶举在今囊谦县觉拉乡建觉让寺，在今杂多县吉多乡建更那寺等。这一时期，藏语系佛教依赖元朝统治者的支持，不仅使自身得以较大的传播发展，而且与中央王朝加强联系，在藏区形成了政教合一制度。政教合一，是一种社会制度，有其产生和发展的历史条件和时代背景。这种制度未产生前，世俗和宗教两方面的领主是分离的，经过逐步演变，最后形成世俗与宗教两方面的领主由一个人同时担任的政教合一制度。公元7世纪佛教传入西藏后，当时僧人很少，寺院和僧人没有任何特权。到赤松德赞时，建立了第一座寺院——桑耶寺。从预试7人出家开始，僧人逐年增多。赤松德赞规定僧侣的生活费用由赞普府供给，并给每一名僧人拨给3户属民。在佛教史上有“7户养1僧”的说法。但没有土地、牧场、牲畜等生产资料，他们是食俸禄的奴隶主。到赤祖德赞(热巴巾)时期，日益增多的僧人已超出赞普府库和政府官员所能供养的限度，由于王室、政府官员和群众都无力承受日益增加的经济负担。为解决这个问题只得把生产资料如土地、牧场、牲畜赐给僧人经营管理，政府不再负担。如此，使一些僧人开始转变为拥有土地、牧场、牲畜、属民的地(牧)主阶级。后弘期以后400余年中先后创立和发展起来的各个教派的寺院和宗教上层占有了西藏各地大量土地、牧场、牲畜及属民，这便是政教合一制度形成和发展的历史条件和经济基础。各教派的少数上层人士为了保持自己的经济地位，又寻找当时力量比较强大的政治势力作自己的靠山，一部分宗教上层则直接掌握政权，用这两种不同的方法来维护自己的宗教势力和经济特权。这是政教合一制度在西藏产生的阶级根源。到元代，忽必烈将西藏13万户封赐给八思巴，作为第一次密宗灌顶的供养。在元世祖的支持下，八思巴成为当时西藏地方政教两方面的总首领，统治全西藏。所以由佛教上层人士担任西藏地方宗教和政治两方面领袖的政教合一制度，是从八思巴掌握西藏地方政权开始的。后来帕竹噶举、噶玛噶举和格鲁派都掌握过西藏地方政权。这一时期青海黄南地区萨迦派寺院隆务寺，玉树地区苏莽噶举派苏莽寺、巴绒噶举派觉让寺等都是青海著名的政教合一寺院。这种制度在整个藏区持续了600多年，到1949年中华人民共和国成立后，才彻底被废除。

　　明清两代，藏语系佛教在青海继续传播发展，特别是格鲁派创立以后，迅速传播到蒙古族、土族地区，各部落首领和大多数群众也先后信仰了藏语系佛教；在藏族、蒙古族、土族的各派僧人中，涌现出了一批宗教知识渊博，受人崇敬的高僧和著名活佛，如明代的曲杰·端智仁钦、三罗喇嘛桑杰扎西、宗喀巴、帐玛赛·罗舟仁钦、噶玛强美、夏日仓·噶丹嘉措、东科尔·多杰嘉措，清代的赞布·敦珠嘉措、敏珠尔·程列隆智、章嘉·阿旺洛桑曲丹、章嘉·若贝多杰、土观·洛桑却吉尼玛、赛赤·阿旺罗哲嘉措、赛赤·罗桑丹贝尼玛、夏茸尕布·阿旺罗桑丹贝坚赞、夏嘎巴·措周让卓、华钦南喀久美、多智钦、丹麻·崔臣嘉措、堪钦·格敦嘉措、松巴·益西班觉、阿嘉·洛桑嘉央嘉措等。随着僧人和信众人数的增加，藏语系佛教的寺院从规模到数量都有了进一步的发展，青海著名的藏语系佛教寺院都是这一时期修建的，其中，明代先后修建至今仍在的有：乐都县的瞿昙寺、民和回族土族自治县的弘化寺、湟中县的塔尔寺、循化撒拉族自治县的文都寺、互助土族自治县的佑宁寺、玉树县的结古寺、称多县的拉布寺、杂多县的扎西拉武寺、曲麻莱县的夏日寺、囊谦县的苏莽寺、同仁县的郭麻寺、班玛县的智钦寺、尖扎县的阿哇寺、贵德县的贡巴寺、祁连县的阿柔寺、门源回族自治县的仙米寺等60多座寺院。清代先后修建至今仍在的有:湟源县的扎藏寺、湟源县的东科尔寺、互助土族自治县的却藏寺、大通回族土族自治县的广惠寺、尖扎县的拉莫德钦寺、贵德县的白马寺、刚察县的沙陀寺、泽库县的和日寺、同德县的石藏寺、玛沁县的拉加寺、久治县的龙格寺等著名的藏族寺院。在蒙古族游牧地区,先后修建了都兰寺、北柯柯寺、茶卡寺、香日德寺、合洛寺等寺院。除新建寺院外，原有寺院不断修缮扩建，规模日益宏伟，塔尔寺、佑宁寺、隆务寺、广惠寺的僧人达数千人，各寺都有2-4座经学院，不仅成为藏族、蒙古族、土族群众的宗教活动场所，同时也成为学习、研究和传播佛教哲学、史学、藏蒙医学、天文历算和文化艺术知识的中心。清末，全省藏语系佛教寺院的教派、类型、布局等基本定型。

　　民国时期，藏语系佛教在青海的传播主要向边远牧区发展，从而使藏语系佛教传遍各地，成为全省信众最多的宗教，又涌现出了一批信众尊崇的高僧和著名活佛，如古浪仓·久哲切羊多杰、拉莫·根敦丹增诺尔布、喜饶嘉措、阿柔仓·罗桑隆朵丹贝坚参、玛囊仓·久迈旦切嘉措、夏玛尔·更登旦增、索南则莫、才旦夏茸·晋美柔贝罗哲、怀来仓肋巴佛·金巴嘉措贡却丹增等。新建寺院主要为各大寺院的属寺，在果洛多为宁玛派寺院，其他牧区多为格鲁派寺院，其中最大的是今兴海县的赛宗寺。另有不少帐房寺开始修建了土房建筑。

　　1949年中华人民共和国成立后，在党的民族平等团结政策和宗教信仰自由政策的指引下，逐步废除了寺院的封建特权和剥削制度，各族群众的宗教信仰和宗教活动场所受到了人民政府的保护，信仰藏传佛教的藏族、蒙古族、土族的群众，都过上了正常的宗教生活。1958年宗教制度民主改革以前，青海藏传佛教寺院708座，其中格鲁派423座，宁玛派144座，噶举派103座，萨迦派31座，觉囊派7座，在寺僧人56700余人，活佛1491人。宗教制度民主改革后全省保留寺院11座，在寺僧人1168人。1961年中共中央西北局民族工作会议后，陆续开放藏语系佛教寺院137座，在寺僧人2513人。1966年后的“文化大革命”期间，除塔尔寺为国家文物保护单位保存外，其余寺院多被改为他用或被毁。中国共产党十一届三中全会以后，在党的拨乱反正方针指导下，各地寺院陆续开放，至1995年底，全省开放藏语系佛教寺院及活动点666座，其中格鲁派343座、宁玛派170座、噶举派105座、萨迦派28座、觉囊派9座，在寺僧人24478人，活佛497人。