这一时期的乐器，主要在吐鲁番伯孜克里克石窟中。因为这时南疆已开始改宗伊斯兰教，十三世纪库车一带已伊斯兰化了。佛教艺术开始遭到摧毁，寺窟不仅无法兴建，连原有的石窟也遭到毁坏。

　　而这时吐鲁番仍继续信奉佛教，宋代使官王延镕出使高昌的记述说明了这点。当地沸教香火仍燃，故而石窟寺继续得到兴建，目前在高昌壁画中还残留有这一时期使用的几件乐器。

　　曲颈琵琶，在伯孜克里克16窟中有图。这里的琵琶与现今中原通用的琵琶已非常相似，共鸣体见宽，琴把已缩短，与库车地区那种修长，长把的棒状琵琶已不相同。随着伊斯兰教扩及到吐鲁番后，这种宽朋体的曲颈琵琶已不再使用，而在中原得到继承。新疆的弹拨乐器则以南疆库车地区的棒状琵琶为基础而发展了。

　　凤首箜篌，在伯孜克里克54窟中可见，这个窟是宋末元韧的产物。宋代王延德出使高昌时有“乐多箜篌”的记载。他所描述的正是洞窟中可见的风首签签。

　　这种乐器是一种竖形，其琴头有凤啄图案。因此叫作凤首箜篌。因中很清楚描绘出有十个琴轴，但没有画弦数，琴下半端也没有画系弦的位置。

　　但乐器的形态大致不错，是一种小型的哈卜，抱在胸前，用手拨奏。它印证了宋人对高昌地区的记载，说明古代吐鲁番地区在宋元时期仍使用着空役。

　　筚篥，在伯孜克里克16窟中有描绘。此画保留的比较清晰，但可惜有局部剥落。从图中可以看出，乐工卷发多须，探目高鼻，正在吹奏筚篥，完全是一个西域少数民族艺术家的形象。

　　这个乐器在日本人剥走的高昌壁画中也有描绘。它再一次证实了现今维吾尔族使用的巴拉曼正是古代的筚篥。

　　笛，也在伯孜克里克16窟中出现。乐工多胡剪发是一个正在吹奏的姿态。从图中可以清楚看出笛有吹口，但没有膜孔，指孔有三个很清楚，尾端因壁画剥落而不存在了。另从日本人剥定的高昌壁画中可以很清楚的看出笛子有六个指孔。现今维吾尔族使用的笛子也是六个孔，从不用膜孔(与壁画相合)。即使有膜孔也用胶布贴上，这说明维吾尔继承了古代的音乐传统。

　　大鼓，在伯孜克里克16窟中有图。这种乐器史书中没有记载，但是在库车地区出土的舍利盒中则有击大鼓的描绘，与吐鲁番壁画中一样。说明大鼓无论是在龟兹乐还是高昌乐中都使用着。

　　这种鼓身扁平，两面蒙皮，用两槐相击。图中是一个正在击鼓的姿态。此鼓与竭鼓有区别，与其他鼓也不相同，它又不见载于文书，因此更有研究价值。

　　舶板，在伯孜克里克16窟中可以得见。图中措绘的乐人眉目清纫，胖如“宫娃”．上身赤裸，正将拍板举至胸前。壁画中描绘的是由两块板相系，而与其他那种由五块或六块板相系的拍板有区别。这种拍板与现今中原人民使用的竹板已完全相似。

　　钻．在日本人剥走的高吕壁画中有描绘Mb一位裸目高鼻、浓眉多胡的西域乐工两手各持一钱正准备相击。这种乐器在高昌乐中并不见记载，可图中却是一个西域少数民族形象，是一个研究古代西域音乐的珍贵资料。