琅琊寺是琅琊山佛教的载体。琅琊寺始建于唐大历六年（公元771年），距今已有1200多年的历史。其间，经历了四次更名，即：“宝应寺”、“开化禅寺”、“开化律寺”，以至今日的“琅琊寺”。前三个寺名都是皇帝御赐。

　　琅琊寺在立宗传派方面，唐代时初为禅宗，明代时改为华严宗，清代时改为律宗，现为净土宗，也叫莲宗。

　　1200多年来，琅琊寺佛教的盛衰兴废如波涛起伏。其兴盛时，殿宇建筑富丽堂皇，钟鼓梵呗山谷回荡。僧众云集，四方信向，天下称誉。其衰败时，寺毁僧散，院野无分，蒿莱遍地，荒废殆尽。

　　琅琊寺最早的佛教文化活动兴盛，始于唐代建寺之初。琅琊寺最初的寺名“宝应寺”由唐代宗李豫题赐。那时，以李幼卿为核心的一批文人名士，和以法琛为代表的一批文化僧侣，整日在琅琊山对境参禅，偈语应酬，诗文互答，留下了许多诗文逸话和摩崖石刻。如，

　　李幼卿咏禅房落成诗句：“佛寺秋山里，僧堂绝顶边。同依妙乐土，别占净居天。转壁千林合，绳床挂月圆。凭虚堪喻道，对境自安禅。助君成此地，一到一留连。”

　　韦应物访山寺诗句：“曹溪旧弟子，何缘住此山？心将流水闲，宴坐一林间”；“心绝去来缘，迹顺人间事。朝寻芳草径，夜宿寒山寺。”

　　至北宋太平兴国年间（976——983），宋太宗为琅琊寺赐额“开化禅寺”。皇佑五年（1053），宋仁宗下诏于琅琊寺敕建“御书阁”，藏“累朝御书”并奉安“太祖遗像”。寺院扩修，规模宏丽。

　　北宋清理年间，慧觉广照禅师住持山寺，绍隆佛种，光大法灯，四众弟子朝山礼佛络绎不绝，常住僧人及云游挂单僧侣、皈依居士日达500多人。琅琊寺名传四方，世人称誉为“二甘露门”。

　　庆历五年（1045年），欧阳修来到滁州，与琅琊寺智仙和尚交善。因为智仙“有戒行，通儒言”，两人非常契合。智仙专门为欧阳修造了一座亭子相送，欧阳修名之曰“醉翁亭”，留下了一段千古文坛佳话。

　　明洪武十六年（公元1383年），朝廷在滁州设立了佛教管理的机构——僧正司。德孝禅师为僧正，住持龙兴寺，管理琅琊寺及周围诸寺的佛事。

　　清嘉庆年间（1796年——1820年），僧皓清律师住持琅琊寺，重建开化堂，传南山律宗，弘法度僧，开坛授戒，山寺中兴。江淮诸寺众僧云集，日达800人众，钟鼎集食。法嗣门人广布皖、苏、浙、赣数省。如，六安观音寺，六合长庐寺、金陵卧佛、白下静海寺等等著名寺院的住持都出自皓清门下，使琅琊寺的声名影响远播海内。

　　清光绪三十年（公元1904年），年仅20岁的达修律师应邀住持山寺。当时的琅琊寺因战乱破坏，遍地瓦砾，一片荒芜。达修托钵化缘，呼号万里，募集巨资，重建寺院，形成了现今的基础格局。

　　寺院建成后，仍名“开化律寺”，在当时国民政府高官的心目中很有地位。行政院院长孙科为达修题字：“高僧名山两不朽——达修上人重新开化禅院”。其他如戴季陶、林森等要员也时常光顾，闲居礼佛。

　　达修的继承住持为根如律师。

　　新中国成立后，琅琊寺依山而名，不再使用“开化律寺”等名称。

　　根如于1961年圆寂。后任者依次为超然、果圆、顶光。

　　1996年滁州市佛教协会成立。首任会长顶光。

　　自1980年代以来，琅琊寺的佛教事业与时俱进，寺院面貌焕然一新，香火鼎盛，佛光普照，旅游兴旺，声誉日隆。