虚云和尚常能在紧要关头临危不惧，智勇双齐，从容镇定。1911年，革命军兴起，革故鼎新，当时李根源任云南省革命协统。李一向厌恶诸方僧徒不守戒律，于是就率兵进驻鸡足山悉檀寺，把金顶鸡足大王铜像及佛殿都捣毁，并指名要缉捕虚云法师问罪，虚云法师不顾个人的安危，直接来到军门，同李根源进行辩论，终于使李开颜致敬，停止了毁寺逐僧的行为。以后李氏皈依佛教，数十年护持法门，老而弥笃。

    事隔四十年后，虚云法师又一次面临危难，然而法师以他自己多年修行的功力，不惊不怒，从容笃定，度过了历时三个月的“云门事变”。1951年春，云门准备春期传戒，各地闻讯前来求戒的人很多。当时正值全国“镇反”运动开始，湖南某县有血债的反革命分子混进其中，湖南的公安部门追到云门，将其捉拿归案，由于这个原因，引起乳源地方当局对云门寺新老僧众产生怀疑，甚至误传云门藏有军械、电台。地方当局于农历二月二十四日派出百余人，于午斋时抵寺，将寺院团团包围。在寺院左右及后山高地，都架起了机枪，对准寺内，如剿大敌，气氛极为紧张。当时全寺僧人百余人正在斋堂用饭，都不许离座。为搜寻军械、电台，所有殿堂房舍都一一细查，最终一无所获。对于所有稍有可疑的人员，都一一叫出来问话，一直到掌灯时分才离开。这件事一直到农历五月二十三日，京穗调查组到寺，一场镇反扩大化事件才告平息。在“云门事变”中，前后被拘禁的僧人有二十六人。在这期间，全寺僧众百余人集中禁闭于禅堂十八日，饮食睡眠均在其中，大小便都有军警看守。由于地方当局对云门寺的情况作出了错误的估计，认为虚云法师和绝大多数僧人都是“反革命”，以致对法师也施了种种无礼的手段，使他的身体受到了严重的摧残。

    事变平息后，农历六月下旬，虚云法师抱病为远道前来求戒者传授三坛大戒，这是云门复兴后第一次传戒，虽然受戒人数不多，由于天气酷热，戒期的时间也不长，但风波已平息，人心安定。参加受戒大会的人深怀希有之心，难遭之想，实非平时传戒法会所能比喻。

     虚云和尚一生遍游国内外佛门名山古刹。他27岁时离开福州鼓山，先后在浙江天台山、普陀山、天童寺、阿育王寺、杭州三天竺、常州天宁寺、镇江金山寺、扬州高旻寺，从佛门老宿研习经教，参究禅宗。为报父母的养育之恩，虚云法师曾三步一拜，以人所难能之笃志苦行从普陀山一直朝拜到山西五台山，历时三年。途中风霜雨雪，艰苦备尝。这以后，法师又参访了陕西终南山、四川峨眉山、拉萨三大寺，并由西藏至印度、锡兰、缅甸等国，又朝礼各国的佛迹。后由缅甸回国，又朝拜了云南的鸡足山，经贵州、湖南、湖北等地，朝拜安徽九华山，再到扬州高旻寺参加禅七法会。在禅七中，法师心境寂然，能所双忘。某一日因开水溅手，茶杯坠地，一声破碎，悟透禅关，从此禅业大增。