隐元禅师名隆琦，明神宗万历二十年(1592)十一月四日生于福建省福州府福清县万安乡灵得里东林。父林德龙，母龚氏。兄弟三人，禅师最小。六岁时父亲去湖北、湖南，之后渺无音讯，家境随之衰落，就学不成。禅师自幼颖异，十六岁时即仰慕佛道。二十一岁赴浙江寻父，未果，便去到普陀山求观音菩萨冥助。普陀山是舟山群岛中的一个孤岛，乃观音菩萨道场。禅师在普陀山的潮音洞当了茶头，虽然仅有一年，却成了之后出家的契机。禅师曾一度回乡奉侍母亲，并说服母亲，意欲出家，得到母亲的许可，拟再回普陀，不料途中路银被掠，不得已重返故乡。二十八岁时，母亲去世，禅师决意出家，因鉴源兴寿之劝，于黄檗山落发，时万历四十八年(1620)二月十九日。之后，禅师遍参各地名僧大德，天启四年(1624)在金粟山广慧寺(在浙江省嘉兴府海盐县)参谒密云圆悟，随从两年有余。崇祯三年(1630)春，密云晋升黄檗山住持，禅师随侍同往。不久，费隐接任密云，邀隐元任西堂。崇祯六年（1632），嗣法费隐。之后禅师隐居狮子岩(在福清县城西)。费隐退山后，禅师晋任黄檗山住持，时在崇祯十年(1637)。
　　黄檗山万福寺是唐贞观五年(631)开创的古刹，宋代曾相当繁荣，但自元代至明万历年间渐趋衰微，万福寺的重兴落在了禅师的肩上。
　　禅师住持黄檗山至崇祯十七年(1644)，之后转住福严寺(浙江嘉兴)、龙泉寺(福建福州)。顺治三年(1646)禅师重回黄檗，一直到顺治十一年(1654)东渡我国，黄檗山法轮增辉，僧众云集，蔚然已是一大禅林。也就在这时我国开始邀请禅师东渡。
　　邀请禅师东渡的经过如下。当时长崎崇福寺(宽永六年〖1629〗创建，俗称福州寺)住持缺席，兴福寺 (元和六年（1620）创建，俗称南京寺)无心便向该寺住持逸然推荐也懒性圭(顺治三年（1646）嗣法隐元)，崇福寺的施主们也作了迎接也懒的准备，不幸也懒应邀船出厦门港不久即遇风浪，船破身亡。时在顺治八年(1651)。无心得知此一消息之后，便向逸然建议邀请也懒之师隐元禅师。逸然同翻译、施主等商量决定向隐元禅师发出邀请，于是在承应元年(1652)四月发出了第一封邀请信。禅师以年老为由辞退了邀请。但逸然并不气馁，于同年八月又发出了第二封邀请信，但此信在途中被海贼掠去并未到达禅师的身边，逸然又在翌年三月发出了第三封邀请信。禅师接此信后写了回信，准备派监寺良者(即大眉)赴长崎探听实情之后再来决定是否东渡。同年十一月，逸然同翻译、施主等联名发出第四封邀请信，托古石性荣(南京人，曾住兴福寺)带回。
　　顺治九年(承应元年，1652)为调查邀请实情而赴长崎的灵叟定岁，以及先前赴日的良者等相继归国，明确了邀请的实际情况，禅师终于回信作了决定应邀东渡的答复。僧俗得知这一消息之后，纷纷恳请禅师中止东渡。禅师既不能违背东渡的诺言，又不能拒绝僧俗的请求，于是相约东渡三年后归国，顺治十一年(承应三年，1654)六月二十一日，禅师自厦门起航，七月五日抵达长崎，翌日进入兴福寺，同行者有独言性闻、独知(后改慧林)性机、大眉性善(即前良者)、惟一道实、独吼性一(后改性狮)、独湛性莹、良衍(后改南源)性派、雪机定然、古石性荣、杨津(亦名遵真)、良哉等计三十名。
　　长崎在禅师到来之前已有中国僧居住，他们是真圆、觉悔、了然、觉意、超然、默孑如定、晋定、水月、逸然性融、无心性觉、古石性荣、百拙如理、净达、觉闻、蕴谦戒琬、道者超元、独立性易等，他们以东明山兴福寺、分紫山福济寺(宽永五年〖1628〗创建，俗称漳州寺)、圣寿山崇福寺所谓三福寺为基地，主要从事于华侨的葬仪。其中除了道者曾应平户城主松浦镇信之请赴平户教化僧俗之外，其他僧人在教化方面并未有过多大影响，但是这些僧人大多精于一技，各有专长。禅师来到长崎之后，这些中国僧人全部投入到禅师会下，合为一体，中国僧团逐渐壮大。
　　当时我国佛教界的状况又是如何呢?
　　幕府为了抵制基督教，开始对佛教进行了宗门改革，为了采用檀家制度，即所有国民必属佛教一宗一派，于是僧侣便掌有如同官吏一样的实权，出现了安逸怠惰的弊端。即当是佛教界的状况是一方面平安稳定，一方面却在幕府的控制之下停滞不前。禅宗的情况亦不例外。
　　我国禅僧自古以来即有仰慕中国禅林、中国禅匠的风气，因为那时日本国法禁止去到中国，因此迎请道行高深的中国禅匠来日本才是当时唯一的途径。
　　有关禅师的道风，我国有些禅僧早就闻知，及至听说禅师即将渡日，禅师的声望越发提高。人们等待着禅师的来到。不论是临济僧还是曹洞僧，有所作为的僧人纷纷奔赴长崎，兴福寺、崇福寺呈现出空前的盛况。
　　禅师所传的黄檗宗究竟有何特色呢?从黄檗宗朝暮所用的经文集《禅林课诵》来看，有不少有关净土的经文，可见已是禅净融合。此外还有不少陀罗尼、咒言、结印法，显然是掺合了真言密教的因素。明末的禅风即是如此，禅师原封不动地把它传到了日本。
　　禅师原来打算在长崎留锡三年之后即回国，但有人想把禅师迎往妙心寺，首唱者是秃翁妙周和龙溪宗潜(后改性潜)。这两人早就读过禅师语录，敬佩禅师的道力。明历元年(1655)经过秃翁、龙溪以及竺印等的奔波，把禅师迎到了摄津普门寺。普门寺是妙心寺派龙安寺的下寺，当时龙溪任住持。但是幕府不允许禅师自由行动，并且要求在普门寺集会的日本僧人不得超过二百人。这是因为幕府尚未能对禅师作出去留的决定。直至万治元年(1658)，经过龙溪等人的不断周旋，禅师得以谒见德川四代将军家纲，情况才发生了根本的转变。翌年，幕府准备把京都附近的一块土地赐给禅师创建寺庙，禅师终于改变了归国的想法，决定留在日本。
　　宽文元年(1661)幕府将山城宇治郡大和田的土地赐给了禅师，禅师开始创建寺院，仍取名为黄檗山万福寺，以示不忘旧地。是年闰八月二十九日晋山。之后陆续兴建了法堂、浴室等。宽文三年(1663)正月十五日，在法堂举行了开光法会，黄檗宗正式确立。以后又兴建了殿堂寮舍，塑建了佛像等，又从幕府那里取得寺院的领地，打下了稳固的经济基础。
　　禅师任黄檗山住持三年，宽文四年(1664)九月四日，让法席于弟子木庵，自己退归松隐堂。在木庵的经营管理之下，五年后万福寺已初具规模。宽文五年(1665)得朱印状，领五个庄、四百石。
　　宽文十三年(1673)禅师八十二岁，自知归期已近。二月示微恙，三月稍愈，书偈寄赠诸方。三月三十日，后水尾上皇遣特使问疾，禅师书一偈感谢。四月一日书呈将军家纲谢恩偈。二日，后水尾上皇特赐“大光普照国师”号。三日，乃书遗偈坐化，东渡以来凡十九年零九个月。
　　禅师有法嗣二十三人。其中日本僧三人即龙溪、独照、独木，其他都是中国僧。中国僧二十人中随禅师一起渡日的有七人，即木庵、即非、慧林、独湛、大眉、南源、独吼，没有渡日的十三人，即无得、玄生、西岩、慧门、也懒、良治、中柱、虚白、心盘、三非、广超、良照、常熙。
　　禅师寂后，黄檗山每隔五十年举行一次远忌大法会，于时皇室都赐以谥号、御笔等。