1683年7月8日，福建铜山（东山）海面千帆云集，大海失去往日的平静，发出汹涌澎湃的怒吼声，掀起惊天骇人的巨浪，昭示不平凡时刻即将到来，一位将军跪拜在地，拜天祀神:“今施琅奉旨出征,收抚澎台,求国家之一统,图江山之永固,泯两岸之恩仇,得骨肉之团聚。”誓师大会结束后，230艘战船载着数万名豪情将士，迎风破浪，直赴澎湖。台湾民众“壶浆迎师”。郑克塽率文武官员，剃发受诏，缴册印降。台湾终于重新回到祖国母亲的怀抱。

由于长期孤悬海外，统一之初的台湾较为落后，末能得到应有的开发，时人曾描述到“地广人稀，萧条满眼，撮尔郡治之外，南北两路，一望尽绿草黄沙，绵邈无际”。因此有些庸俗官员主张放弃台湾，节省经费。施琅力排众议，直陈台湾具有重要的战略地位，是东南九省门户，一旦丢失为敌人所占据，将使沿海地区都处在威胁中。康熙皇帝终于采纳他的建议，在台湾设府，隶属福建，并在澎湖、台湾岛驻扎重兵。

戍守与垦荒是极其艰辛，此时台湾不是“深林障蔽，数百里不见天日”的原始森林，就是茫茫无际，人烟稀少的荒埔草地。野兽出没，瘴气疠疫时作。人们一旦染病，无法得到医治，只能痛苦死去，许多士兵与垦荒者常常染病暴卒，客死它乡。中华民族素有重土安迁、落叶归根的文化传统，游子若客死异乡，骨骸也必须在亲人护送下回乡。否则就是孤魂野鬼，永世不得超生。然而台湾有天堑之隔，若想依靠亲人力量将骨骸带回家，极不现实。为寄慰死者、使他们九泉之下得以安息，帮助死者回归故里的慈善机构——太平船便应运而生。

太平船是清代台湾所特有的慈善机构，为台湾县知县夏瑚于乾隆二十七年(1762)创设，并形成“运柩制度”，他借助商人力量，将商船专门用于运送兵民棺骸，棺骸先寄存在台湾北坛寺庙，由太平船运抵厦门后，移交海蜃寺棺厂收贮。厦门官员再发布公文给死者原籍厅县，通知他们亲属前来认领。以一年为期限，逾期末认领者就在厦门义冢埋葬。太平船每年只在三月时运柩一次，每次运载骸骨五十篓，每篓有十具，共有两只，一只由厦防厅招募，一只由台湾县招募。船主通常是财力雄厚，热心公益的商人，官府在初期没有参与直接运营，只是在政策上对船户作了一定倾斜，给他们一年正月、五月两次免配兵谷的待遇。

由于商户自主经营，加上激励力度不大，使太平船时兴时废、漏洞百出，旧的船户因故退出，无人愿意接替，官员也常以“无暇”推卸扯皮，结果太平船一度荒废十年，寄存在北坛寺庙的骨骸达到二千数百具之多；“其在埋候检者，不知凡几”。漫山遍野望去都是坟包，令人毛骨悚然，不但失去“掩骼埋胔”的本意；甚至有可能导致瘟疫传播，给当地居民埋下无穷后患。官府再也不能坐视不理，赶紧行动，与船户共同出资兴建新船，除原有待遇外，还允许船户携带货物，并给予船工津贴及修茸费用，但规定每年必须运送三、四渡，以解燃眉之急，从而使太平船走上官商合办道路。