萨迦派一直是以“昆”氏家族为中心而发展起来的藏传佛教派别。昆氏是吐蕃时期的旺族，统领今拉孜、昴仁、萨迦一带。最早的“桑耶七觉士：“之一即出自昆氏家族。此后，该家族出过不少修早期宁玛派的僧人和俗家学者。在后弘期兴起时，该家族的衮却杰波广泛求师学经，精通了显宗和新旧密法，于1073年在今萨迦县城仲曲河北岸建萨迦(北)寺授徒，形成了萨迦派。“萨迦”意为“灰白色的小山”，因该寺建于灰白色小山上，后世因该寺以红白黑三色涂饰寺墙，俗称其为花教。

其后，连续出现了五位对该教派贡献巨大的人物，称“萨迦五祖'，他们是衮噶宁波(衮却杰波之子)，衰噶宁波的次子和第三个儿子，衮噶宁波第四子的儿子萨迦班智达和八思巴(萨迦班智达的侄子)。前三祖未出家，称为红衣三祖，后两祖出家则称为白衣二祖。如今的萨迦寺、江孜白居寺以及其它较大的萨迦派寺院中均供有他们的塑像。

萨迦班智达(1182-1251年，简称“萨班”)是当时西藏最有名的佛学家之一，曾求学于入藏的印度那烂陀寺末代寺主，精通大小五明。他因在一次西藏僧人与印度学者的大辩论中获胜而扬名。据说萨迦寺内还挂着当时落败的六位印度学者的辫子，他们拜萨班为师出家了。

此时，蒙古势力正欲进入西藏，而当时西藏各地方势力割据，难以统一。萨迦派的实力及萨迦班智达的名气正好被成吉思汗之孙阔端看重，视其为西藏各地僧俗之代表，邀请他到凉州商讨归附事宜。1246年，萨班携其侄子八思巴两兄弟抵达凉州，次年，萨班发表“给西藏各地僧俗首领信”，标志着西藏正式归附蒙古汗国。其实在此之前的1240年，无可匹敌的蒙古铁骑即已在拉萨东南等地大败前藏僧俗官兵。萨班代表西藏归附是为顺应大局，消弥战争，同时也是为了保护历经二三百年分离割据之苦以后，正值元气恢复的西藏地方政治、宗教和经济环境。从此，萨迦派成为了西藏的政教中心，至1260年，八思巴被元世祖忽必烈封为国师并总理全国佛教事务和西藏地方行政时，这种地位更加巩固。1268年，八思巴集西藏十三万户之力建萨迦南寺。

直到元王朝灭亡(1368年)的一百多年间，萨迦派飞黄腾达，历代元朝帝师多出自八思巴之昆氏家族及其后代门生。在西藏地方，由八思巴制订的西藏地方行政官制之最高首领 “萨迦本钦”也被昆氏家族牢牢控制。此后，兴起于山南的噶举派帕竹分支得明朝扶持，取代了萨迦的地位。第十三任萨迦寺寺主后，该派的实际控制力仅限于管理萨迦寺和寺属领地及属民。

庞大的萨迦昆氏后代们后来分化为四部分，也即一家分四房，传至今日的是都却拉让一支。至1951年，萨迦寺共历8难寺主，到后期，该寺寺主称“萨迦法王”。萨迦派当权时，偏重于俗政，宗教方面的成就并不显著。八思巴曾拒绝元世祖忽必烈要将全藏统归萨迦派的提议，对其他各派的发展起到了重要作用。萨迦失利之后，宗教方面除了显教方面有所发展外，还演变出三个密宗流派。

比较著名的萨迦派寺庙除本寺外，今山南贡嘎县附近的多吉丹寺(即贡嘎寺)、 日喀则附近的俄尔寺等也比较有名。中心寺庙萨迦大寺历属西藏最重要的寺庙之列，现在仍是藏族民众朝拜的主要寺庙。该寺藏书极丰，尤其以壁画闻名，有“第二敦煌”的美誉。后期萨迦派依托此寺仍有不小的影响力。即便是后来格鲁派一统西藏地方后，“萨迦法王”仍享有一定的独统权和地位。现世萨迦派也同宁玛派一样，在海外传教及影响日益增大。

　　萨迦派得名于该派主寺萨迦寺，并因该派寺院围墙上涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色图案，故又俗称“花教”。

北宋神宗熙宁六年（公元1073年），昆．贡却杰布（公元1034-1102年）于后藏萨迦地方建成萨迦寺，从这里发展出萨迦派。昆．贡却杰布的先祖昆．鲁旺布传为吐蕃赤松德赞时期藏人最早出家的“七觉士”之一，从昆．鲁旺布起，至贡却杰布之兄喜饶崔臣，昆氏家族世代信佛，主要信奉宁玛派，至贡却杰布，改学新派密乘，他向卓弥译师释迦益希（公元993-1074年）学习道果教授，并世代相伟，成为该派在见修方面的根本法门。萨迦寺建成后，采取寺主由家族家传的血统传承方法。贡却杰布死后，其子衮噶宁布（公元1092-1158年）住持萨迦寺。他佛学造成诣颇深，使该派主要弘扬道果教授等显密教法系统化，确立了该派体系，把萨迦派真正发展起来，因此被称为“萨钦”（萨迦派大师），尊为“萨迦五祖”的首祖。衮噶宁布有四个儿子，长子贡噶拔因学经死于印度摩揭陀国。次子索南则摩（公元1142—1182年），汉译作“福顶”，除向其父学习萨迦派法要外，曾向噶丹派名僧桑浦寺第六任堪布恰巴却吉僧格（法狮子）学习显密专教法11年，是为萨迦二祖。三子扎巴坚赞（公元1147-1216年），汉译作“称幢”。13岁时被其史委为萨迦寺座主，是为萨迦三祖。四子贝钦沃布娶妻延嗣，生有２子，长子衮噶坚赞（公元1182-1251年）汉译作“遍喜幢”，学富五明，精通显密，于克什米尔大班乔达释迦师利尊前受比且戒，一般通称“萨迦班智达”，简称“萨班”。

公元1247年，萨班应请在凉州与阔端会面，劝导西藏僧俗上层各界归顺元朝，为祖国统一做出过重要贡献，同时也为萨迦派了得了它在卫藏地区的政治、宗教领袖地位，是为萨迦四祖。萨班之弟桑擦索南坚赞，生子罗哲坚赞（公元1235-1280年），汉译作“慧幢”，传他“3岁能诵咒语，8岁能背《本生经》，9岁时能为人讲经，又生于名族”，故时人称他为八思巴，意为“圣者”。

八思巴与其弟恰那多吉随伯父萨班去闵州（今甘肃武威），后来被忽必烈尊为帝师，领总制院事，统领天下释教，在西藏建立萨迦派政教合一的地方政权，并奉命创制蒙古新字，一度颁行全国，在元王朝的支持下，萨迦派盛极一时，是为萨迦五祖。以上萨迦五祖中，衮噶宁布、索南则摩、扎巴坚赞3人仅受居士戒，未曾受过出家戒，身着白色俗装，故称“白衣三祖”；萨班衮噶坚赞和八思巴出家持戒，管理政教，身着红色袈裟，故称“红衣二祖”。

　　八思巴之后，到大元罗哲坚赞（1332-1364年），又有七任（或云九任）萨迦寺座主。在此期间，元朝为加强西藏地方行政建设及管理，于萨迦设置西藏地方三路十三万户长官“本钦”，通称“萨迦本钦”。首任本钦释迦桑布由八思巴提名举荐，经元世祖忽必烈批准任命，后成定制。从释迦桑布至旺宗，历20任本钦，萨迦派在西藏实行政教合一统治凡91年。元朝中期以后，萨迦派随着蒙古皇室统治力量的衰落，在西藏的声望地位低落下来，元末被新兴起的帕竹地方政权取而代之。公元14世纪初，出身于萨迦昆氏家族的大元帝师衮噶罗哲坚赞（公元1299-1327年）把萨迦寺分为希脱、仁钦岗、拉康、丁却四个拉章，分给四兄弟，萨迦派遂由统一施政而分裂。希脱、仁钦岗、拉康三拉章传数代后绝嗣。丁却拉章后又分为上下两院，下院的后裔晓仲在清康熙年间因与藏王拉藏汗不和，逃来青海，后裔亦断绝。唯上院的血统不断，沿袭萨迦法王，直到公元20世纪50年代西藏民主改革前。

　　萨迦肖除血统传承外，尚有法统传承。法统传承的绍继者，在显宗方面主要有雅周．桑杰伯和绒敦．麻维僧格，称“雅、绒二师”；在密宗方面主要有俄巴．衮噶桑布和宗巴．衮噶南杰，称“俄、宗二师”。雅、绒二师中的雅周．桑杰件学经于萨迦寺和泽当寺，晚年常住萨迦寺，讲经授秆。绒敦．麻维也纳僧格（公元1367-1449年），是雅周．桑杰位的弟子，出生于今四川省金川地方的一个本教徒家庭，18岁入藏，于桑浦寺学习显宗经典，27岁起师事雅周，系统学习萨迦派的显崇教义和各种佛事仪轨，也曾向明朝封为大乘法王的贡噶扎西（明史作昆泽思巴）学习过萨迦派密法。

明宣德十年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成那兰托寺，正统十四年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成，正统十四年（公元1449年），又在今锡金境内建成结蔡寺，以后又从这里发展出5个支寺。这些寺院都按照萨迦派的规矩讲授经论，是晚期萨迦派的重要讲经寺院，绒敦著有《量决定论疏》等，以讲授《现观庄严论》、《般若经》等显宗经论著称，有不少弟子，其中许多人后来改信了格鲁派，密宗方面的俄、宗二师系统，均传自八思巴的侄孙喇嘛丹巴索南坚赞。其中，俄巴．衮噶桑布（公元1382-1456年），萨迦人，曾任萨迦寺堪布。

明宣德四年（公元1429年），他在后藏那塘寺和丰鲁寺之间仿南的俄尔地方创建艾旺却丹寺，后来通称俄尔寺，是西藏传播萨迦派密法的重要场所，在青海有许多属寺，较有影响；宗巴．衮噶南杰（公元1432-1496年），亦称“图敦”，明天顺八年（公元1464年），他于前藏贡噶宗境内创建多吉丹寺，后来通称贡噶寺，这是萨迦派晚期在前藏传播密法的重要场所。除上述显密专教法方面军的主要绍继者外，公元14世纪后半叶，萨迦派晚期在显密方面还有过一些出名人物，其中以仁达瓦最著名。

仁达瓦，法名循奴罗哲（公元13349-1412年），后藏萨迦和拉孜二地交界地带的仁达地方人，他博通显密，在西藏佛教史上是介于布顿．仁钦珠和宗喀巴大师之间的一位重要人物。他苦心钻研中观学说，对月称的《入中论》、《中论明句论》等研习颇深，写有不少著作和注疏，由于他的努力，中观学派的哲学思想在西藏再次弘传，并在佛教界居于重要地位。他又是宗喀巴大师在显宗方面的主要师长之一，对后来格鲁派的形成有过重要影响。萨迦派在密宗方面后来有影响的人物学有擦尔钦．罗赛嘉措（公元1494-1566年），他先在扎什伦布寺为僧，后业改学俄、宗二师及其它上师所传萨迦派密法，是萨迦派密法的集大成者，在公元16世纪的西藏宗都办颇有声名，相传三世达赖和五世达赖喇嘛都向他或他的后辈学习过萨迦派密法。擦尔钦．罗赛嘉措常住萨迦以西、拉孜以南茫喀地方的图丹根培寺，从学弟子众多，形成一个传承，称为萨迦派的擦尔去派。

　　萨迦派的教义中，最主要的是道貌岸然果教授，也叫道果法，以修欢喜金刚二次第道及共支分为主要内容，系由龙树传出。但学者们的解释多有分歧，龙树一派对此摄为“最初舍非福，中断于我执，后除一切见，知此为智者”，是对道貌岸然与果的基本概括。这种见解，虽称萨迦派的不共法，但仍建立在显密两种次第的关系上，与其它各派的教授大体相似。在见修方面，萨迦派诸师多不一致，如萨班、绒敦等很多人持中观自续派见解，后来转成觉囊派的他空见；也有的持大圆满见解。萨迦派的法门，有所谓不越寺墙的十三金法，包括空行三类、大红三类、小红三类、长寿金刚天女、戏财神、狮面母和黑文殊等修法。上外，尚有属于新法的金刚灌顶、修法海论、龙树所传集密、佛智所传集密、时轮金刚、喜金刚四教敕、胜乐金刚卢那直三法、红黑畏怖三种阎曼德迦等修法；属于旧法的有清净父法和金刚橛修法等。护法类主要有帐明王、四面明王、尸林主白则、金刚橛护法等。

　　萨迦派兴盛时，广泛传播到卫藏康区、安多等广大藏区以及蒙古和汉族地区，建有不少寺院，最著名的有西藏的萨迦寺和康区的更庆寺。

萨迦寺位于今后藏萨迦县仲曲河岸，为该派主寺，原由位于仲曲河南北的二寺组成。北寺即昆．贡却杰布所建，由此形成萨迦派，已毁。南寺始建于元世祖至元六年（公元1269年），由萨迦本钦释迦桑布奉八思巴旨意仿西藏吉热寺式样而建，据载寺墙高厚，东西长约166米，南北宽100米，四角置碉堡，四面有门楼，寺周有人工河围绕。现仅存主殿，名拉康钦莫，共3尼，高11米多，面积5500平方米，有40根粗大的贺柱，殿墙绘有各种壁画，反映当年建寺经过以及绘有萨迦派历代祖师、高僧图像和一些佛教故事，密宗坛城等的画面。殿内供奉着该派主要佛像，存有玉钟、玉板以及中国历代王朝所赐瓷器、法衣、盔甲等文物。殿后为藏经库，藏有四万多卷经籍和一部分贝叶经。其中一万多部经典是领先思巴时期用金、银、朱砂叶和墨汁清工写成的。正殿中还收藏有数以百计的画卷，记载着萨迦发展的历史，为西藏珍贵的古代艺术品。

因该寺藏有丰富的经书和画卷，故有“中国第二敦煌”之称。更庆寺，亦称“伦珠顶寺”和“德格大寺”，为萨迦派在康区的主寺，在今四川德格县城，始建于正统年间，历来由德格土司的长子任寺主，掌管教权，为土司家庙之一。公元1958年宗教制度民主改革前，有寺僧630多人，下辖德格龚垭、嘎冷、银南、温根、门扎、柯洛洞诸寺及西藏江达燃灯寺。该寺初创于清雍正七年（公元1729年）的印经院，通称“蒙古族文化宝库”，印经院共藏有各类经版23万多块，其中各类佛教经典100部，经版15000块；医学、天文、历算、文学、艺、历史、语法及综合类藏书737曾，经版近22万块；各种佛像画版150多块。不少珍本、孤本尤为为世人瞩目。该院所印清代刻所印经书不仅流行国内广大藏区，而且远销印度、日本、尼泊尔、东南亚和欧美各国，对保存和传播藏传佛文化起过和继续起着重要作用，被国务院确定为全国重点文物保护单位。