《圆觉经·文殊章》是《圆觉经》宗旨所在，宣说圆觉法门流出一切真如、菩提、涅槃及波罗蜜，显示佛菩萨的因行果相都不外修证本有圆觉的道理。与佛陀宣说其他经文时有具体地点不同，此经是佛“入于神通大光明三昧正受”时所讲，亦即在定中所讲。三昧即正受，是大定、正定的境界。《大慧录》卷１７： “释迦老子说法三百六十余会，皆立时处。何谓时处？岂不见《圆觉经》末上云： ‘如是我闻一时婆伽婆入于神通大光明藏三昧正受’，只这个便是今日说法底时节。”《林间录》卷上：“《圆觉经》以皆证圆觉、无时无性为宗，故经首叙文不标时处，……《圆觉》冥合佛意。” 　“神通大光明藏”是光华灿烂的定中境界，是人人具足的自心本性，也是第八阿赖耶识转成大圆镜智焕发的大光明境界。
《圆觉经·文殊章》：“无上法王有大陀罗尼门，名为圆觉，流出一切清净真如、菩提、涅槃及波罗蜜，教授菩萨。”陀罗尼意为总持，是能从总体上持摄一切诸法。一切染净凡圣，无不从此中出入，这正是真心本体的特征。它“超出因果通贯古今，不立凡圣无诸对待。如太虚空遍一切处，妙体凝寂绝诸戏论。不生不灭非有非无，不动不摇湛然常住。唤作‘旧日主人翁’，万象森罗，染净诸法皆从中出”，是超出因果、时空、凡圣、生灭、有无等一切对立的圆满觉心，是禅宗所参证的“主人翁”、“威音那畔人”、“空劫前自己”《真心直说》。　“主人公”是人人本具的佛性。师彦禅师坐禅时，常自唤“主人公”，提醒自己避免昏沉，不要被物欲的我所蒙蔽《五灯》卷１７《师彦》；　洞山禅师也常以“阿那个是阇梨主人公”来提撕学人《祖堂集》卷６《洞山》。　无名古宿偈云：
五蕴山头一段空，同门出入不相逢。无量劫来赁屋住，到头不识主人公。 《五灯》卷６《亡名古宿》
“五蕴山头”即是物质的我。禅宗指出，在肉身的里面还有一个灵性的本我，这就是“主人公”，即纯正的佛性，是人人本具的“本来面目”。“威音王佛” 是过去庄严劫最初的佛名，象征极其遥远的时间，“威音那畔”指威音王出世之前，象征人类本有的纯正精神境界；“空劫前自己”也是禅宗经常揭举的话头，与“父母未生前”、“空王以前”、“空王那畔”、“朕兆未萌以前”等意旨相同。佛教把一劫分成、住、坏、空四个阶段，空劫时世界空无一物。“空劫前自己”的空劫，即指世界形成之前万物尚没有萌生之时。“空劫以前”指世界成立以前空空寂寂的时代，了无善恶、迷悟、凡圣、有无等差别对待，是没有生起森罗万象以前的绝对境界。“空劫前自己”是超越意识思量的本心本性。
圆觉真心是超出垢净的无染之心，它犹如摩尼珍宝般清净无染。《圆觉经· 普眼章》：“善男子，譬如清净摩尼宝珠，映于五色，随方各现，诸愚痴者见彼摩尼，实有五色。”经文以摩尼珠比喻生命本来清净，因为无始劫来的习气，造成了各人思想、感情、遭遇的歧异，呈现出各种不同的现象。众生看到摩尼珠上的五光十色，遂误以为摩尼珠上的颜色是实有的。
禅宗以摩尼在色，譬喻真心在缠：“《肇论》云：‘乾坤之内，宇宙之间，中有一宝，秘在形山。’此乃真心在缠也。”《真心直说》禅宗指出，像摩尼宝珠般的晶莹自性，纵然是经历再长远的时间，为尘劳所惑，而它的本体也不会受到染污：“如清净摩尼宝珠置泥潦之中，经百千岁亦不能染污，以本体自清净故。此心亦然，正迷时为尘劳所惑，而此心体本不曾惑，所谓如莲花不著水也。忽若悟得此心本来成佛，究竟自在如实安乐，种种妙用亦不从外来，为本自具足故。”《大慧录》卷２６禅林以摩尼珠处在胎藏之内，形容人人都具有佛性。《证道歌》：
摩尼珠，人不识，如来藏里亲收得。六般神用空不空，一颗圆光色非色。 《传灯》卷３０
摩尼珠是无上珍宝，虽然不为世人所认识，但却存在于每个人生命的深处，收藏在妙明真心里。日常动用、六根门头，都有它作用的显发。它光明圆满，非色非空，不生不灭。如果昧于此理，就是抛却本珠，寻声逐色：“问：‘承教有言，随色摩尼珠。如何是本色？’师召僧名，僧应诺。师云：‘过者边来。’僧便过，又问：‘如何是本色？’师云：‘且随色走！’”《古尊宿》卷１３《从谂》禅宗认为，真珠无色亦无形，《五灯》卷１《释迦牟尼》：“汝何迷倒之甚！吾将世珠示之，便各说有青、黄、赤、白色；吾将真珠示之，便总不知。” 　虽然随色显现，自性之光却亘古长明，“摩尼在掌，随众色以分辉。宝月当空，逐千江而现影”《黄龙四家录·黄龙南》。　法眼指出，“摩尼不随色，色里勿摩尼。摩尼与众色，不合不分离”《传灯》卷２９《法眼》，　意谓澄明自性，不受色尘的染污。正是在这个意义上，禅者说映现出青黄赤白的，既是随色摩尼珠，也是不随色摩尼珠，《传灯》卷１８《师郁》：“问： ‘如何是随色摩尼珠？’师曰：‘青黄赤白。’曰：‘如何是不随色摩尼珠？’ 师曰：‘青黄赤白。’” 　因此，参禅者就不可执珠中实色，认性内虚身： “珠中无五方之色，因光所映。性中无五趣之身，随业而现。迷珠者执珠中实色，昧性者认性内虚身。”《宗镜录》卷７９
《圆觉经·普贤章》：“一切众生种种幻化，皆生如来圆觉妙心。犹如空华从空而有，幻华虽灭，空性不坏。众生幻心，还依幻灭。诸幻灭尽，觉心不动。” 圆觉妙心是能生万法的大陀罗尼门，不但涅槃真如生于圆觉妙心，种种幻化也从它而生，它是一切的本源。但尽管它是如此的神妙，对它同样不可执着。禅宗非常注意破除对圆觉妙心能生万法的执着。如义青就曾举拄杖为例，指出它“不从彼中生”，藉以破除对“种种幻化皆生如来圆觉妙心”的表悟。《续古》卷２《投子青》：“举：‘种种幻化，皆生如来圆觉妙心。’拈起拄杖云：‘只如山僧拄杖子，且不从彼中生。何故？若从彼中生，争得在山僧手里？禅德若知生处，祖师向诸人脚跟下乞命。’” 　禅宗还指出，对圆觉境界不可言语计度，起心追寻。一落文字，即成过咎：“问：‘无上法王有大陀罗尼，名为圆觉，流出一切清净真如、菩提涅槃，未审圆觉从甚么处流出？’师曰：‘山僧顶戴有分。’ 曰：‘恁么则信受奉行。’师曰：‘依稀似曲才堪听。’”《五灯》卷１０《惟素》
《圆觉经》从真心本体的角度，强调圆觉妙心超越一切对立。圆觉妙心不生不灭，不垢不净，不增不减，如同摩尼宝珠，虽映现出各种颜色，却洁净如故。禅宗以“主人翁”、“威音那畔”、“空劫前自己”等来象征这颗本原的心，强调真心在缠而不染。这颗圆觉妙心，也就是“大光明藏”，正如宏智《圆觉经颂 ·大光明藏》所咏：
衲僧拨转铁牛机，默耀灵通底是谁？月兔影沉云母地，海禽梦卧珊瑚枝。韶阳佛法嫌饶舌，鲁祖家风解惜眉。端坐环中虚白处，纵经尘劫个难移。《宏智广录》卷８
诗意谓心眼明净的禅僧，能够拨转如同铁牛般的祖师心印，此时圆觉悟心，在静穆中吐露着光华，与宇宙天地相融汇流注。洁莹明月将她的清辉洒在美如云母的大地上，海中的禽鸟也沐浴着空明的月色，在玲珑剔透的珊瑚枝上栖眠。这是内证的不可言说的境界，其意趣宛似云门禅师在众人滔滔说禅之际的缄口不语， “鲁祖家风”句，参《碧岩录》第６则：“一日刘王诏师云门入内过夏，共数人尊宿，皆受内人问询说法，唯师一人不言，亦无人亲近。有一直殿使，书一偈，贴在碧玉殿上云：‘大智修行始是禅，禅门宜默不宜喧。万般巧说争如实，输却云门总不言。’” 　也好像鲁祖每当见有人前来参访时的面壁而坐。端坐在心灵的虚明澄澈之处，纵使经历尘沙劫数的漫长时间，这颗圆觉真心也不会变动。诗以精美绝伦的艺术形象，描写出大光明藏光华四射、澄明高远的意境。