禅宗的迷失论揭示澄明本心沉迷的缘由。《圆觉经·净诸业障章》宣示觉性本净，但由于众生从无始以来，妄执有我、人、众生、寿命，妄生嗔爱，堕妄业道，遂不能入于清净觉海。《圆觉经·金刚藏章》提出了一个学佛者容易疑惑的问题：既然人性本净，又何来的轮回、无明？这个问题，也许是佛学中最难解答的问题：“若诸众生本来成佛，何故复有一切无明？十方异生，本成佛道，后起无明。一切如来，何时复生一切烦恼？”对这一疑问，佛的回答是，人生的迷惑在于取舍，即相对意识的生起：“一切世界，始终生灭，前后有无，聚散起止，念念相续，循环往复，种种取舍，皆是轮回。未出轮回而辨圆觉，彼圆觉性，即同流转。若免轮回，无有是处。”《圆觉经·金刚藏章》轮回的根源在于取舍，取舍是由于种种恩爱贪欲：
一切众生，从无始际，由有种种恩爱贪欲，故有轮回。若诸世界，一切种性，卵生胎生，湿生化生，皆因YIN欲而正性命。当知轮回，爱为根本。由有诸欲，助发爱性。是故能令生死相续。欲因爱生，命因欲有。众生爱命，还依欲本。爱欲为因，爱命为果。由于欲境，起诸违顺。境背爱心而心生则憎嫉，造种种业，是故复生地狱饿鬼。知欲可厌，爱厌业道，舍恶乐善，复现天人。……是故众生，欲脱生死，免诸轮回，先断贪欲及除爱渴。《圆觉经·弥勒章》
无明是一切烦恼的根本。无明缘行，行缘识，识缘名色，名色缘六入，六入缘触，触缘受，受缘爱，爱缘取，取缘有，有缘生，生缘老死，生命便在这十二因果链中不停地轮回。由于无明与贪爱相和合而生我，因此佛教有无明为父，贪爱为母之喻。而在《圆觉经》中，无明与贪爱是一体不二的，“从无始际”而生起的、成为轮回根本的“种种恩爱贪欲”，即是无明的本身。卵胎湿化等诸种生命形式，都是YIN欲的结果。由于有各种欲望，形成了循环不已的因果链。生命是欲望的结果，爱欲是生命的动因。面对外境或生贪著或生厌离，便入地狱饿鬼之道；洞知欲望的虚幻不实，舍弃恶念而长养善心，即可重新回到天人之境。因此要脱生死免轮回，首先必须断除贪欲和渴爱。这与《楞严经》对爱欲的看法如出一辙。《楞严经》卷４：“爱河干枯，令汝解脱。”卷６：“若不断YIN，修禅定者，如蒸沙石，欲其成饭，经百千劫，只名热沙”，“YIN心不除，尘不可出”， “落爱见坑，失菩提路”，“汝以YIN身求佛妙果，纵得妙悟，皆是YIN根”，“成爱见魔，失如来种”。卷８：“当观YIN欲，犹如毒蛇，如见怨贼”，“欲爱干枯，根境不偶”。 　
在《圆觉经》看来，无明没有起始，恒常存在，是生死流转的根本惑体。对此佛教中约有三种解释：一、从缘生的角度说，一切有为法皆因缘和合而生，故无初始。如认为有初始，就是外道而非佛法。二、从惑体相依的角度说，谓枝末无明依根本无明，根本无明依真如，乃是缘起法自然之理。此时无明是惑的根本，无明之先没有初始的惑法，故称无始。按此种解释，则无始为根本之异称。《起信论》以“忽然念起”为无明，天台宗称为“元品无明”，《起信论》之注疏家则称为“根本无明”。“忽然”、“元品”、“根本”等，都是“有始”的异称。大乘经论多依此义，这是去妄归真的教法，是“权大乘”之义。三、从真妄同体的角度说，谓真如与无明，乃一法之异称，如水与冰，冰之自性即为水，无明之自性即为真如。《楞严经》卷１０说：“妄元无因，于妄想中，立因缘性。”指出发生妄想的本元，根本无所谓为什么原因而发生。只是在妄想当中，建立它的因缘性。《圆觉经·文殊章》：
一切众生从无始以来，种种颠倒，犹如迷人四方易处，妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相，譬彼病目，见空中花及第二月。
一切众生本具真如，与诸佛如来无别，因为最初的一念妄动，便生起无明。因为这种无明没有因由，没有最原始的相状，所以说是无始无明。经文以“犹如迷人，四方易处”来说明无明虽然颠倒，但觉性不动，好比某人虽然迷于东南西北四个方向，其实还在原地。人身由地水火风四大假合而成，其实并没有实体。众生遗失本来清净之性，妄认四大假合之身为我，这就是颠倒。“六尘缘影”是外六尘与内六根相互作用而产生的虚幻影像，对此《楞严经》称为前尘分别影事。前尘现前的认识境界如形，此心第六识如影。影随形进退，喻心随尘起灭。尘有则有，尘灭则灭。“六尘缘影”就是心逐境转，执幻为真。众生遗失了本觉妙明真心，妄认缘尘的分别心为真实的心相，这就是我执颠倒。
《圆觉经·文殊章》中的一段经文可以看作是如来对金刚藏菩萨的回答： “此无明者，非实有体。如梦中人，梦时非无，及至于醒，了无所得。”不但因无明妄执所生的种种颠倒没有实体，而且能执的无明妄心也没有实体。无明但由一念妄动而有，非实有自体可得。“一切众生，于无生中，妄见生灭。”花起花灭，与虚空不相关连；无明起灭，也未牵动圆觉性。
金刚藏菩萨提出的问题，也是参禅者所亟切关注的问题。唐中宗时，复礼请问诸方学僧有关真如与无明之关系，曾作五言十句诗颂：
真法性本净，妄念何由起？从真有妄生，此妄安可止？无初即无末，有终应有始。无始而有终，长怀懵兹理。愿为开秘密，析之出生死！《林间录》卷上
此诗前四句意在说真如法性本来清净，无明妄念由何而起？若从真如而生，那么无明也与真如一样都没有终了之时，然而佛教常说无明断尽则终归真如，这种说法岂不令人无法理解。后六句意在说明无始则无末，反之，有终必有始，若说无始而有终，此一疑问也终究不得解决。因而希望学者开显密意，指示可免于生死的途径。偈文主要提出无明妄无始而有终的疑问，在理论上应当作何种解释。慧洪答偈云：
真法本无性，随缘染净起。不了号无明，了之即佛智。无明全妄情，知觉全真理。当念绝古今，底处寻终始？本自离言筌，分别即生死。《林间录》卷上
偈意谓自性本无垢净之分，如同摩尼宝珠，随着各种业缘而现出种种光色。如果不能了达此理，就坠于无明生死，反之就是圆觉智慧。无明即是妄念，觉悟即是佛理。觉悟在一念之中，超越了古今、凡圣等一切对立，又哪里有什么无明之始可寻？悟心离言绝念，胶葛名相，拣择分别，当下即是生死。这是从本体的角度作出的解释。澄观答偈云：
迷真妄念生，悟真妄则止。能迷非所迷，安得全相似。由来未曾悟，故说妄无始。知妄本自真，方是恒常理。分别心未亡，何由出生死。《华严经大疏钞》卷３４之下
澄观的回答，是从缘起论的角度，说明因为迷失真性而导致了生死的流转。
《圆觉经》以妄见空华譬喻世人执妄为真，从而导致了自性的沉迷。白居易《读禅经》描状了世人的执幻为真：
须知诸相皆非相，若住无余却有余。言下忘言一时了，梦中说梦两重虚。空花哪得兼求果，阳焰如何更觅鱼？摄动是禅禅是动，不禅不动即如如。《全唐诗》卷４５５
一切诸相皆非相。得了道的境界是无余涅槃，有余涅槃是小乘境界的道果，无余涅槃是大乘境界的道果。但如果执着于无余涅槃，把它当作一个境界来追求，就反而落入有余涅槃了。言下顿悟，廓尔忘言，即可一了百了；人生如梦，所作所为更是梦中之梦，是虚幻中的虚幻。空花本来虚，阳焰原是幻，因此不可求什么果位，觅什么禅道。有的参禅者跏趺打坐，拚命想压制心中的杂念，以为这就是学佛就是清静，结果内心反而躁动得更加厉害。如果不求清净也不求空，自然而然，方是不禅不动，契合如如本心。此诗形象地摹写出世人执幻为真迷失自性的境况。
人生的轮回源于分别取舍，分别取舍的根源是爱欲。《圆觉经·弥勒章》宣示爱欲为轮回根本，一切众生由于贪欲，产生无明，显出五性差别不等，提醒修行者求善知识，渐断诸障，证大圆觉。对这一思想，禅宗也引为同调。
首先，禅宗指出，生死轮回的根源是分别心。“‘教中道：种种取舍，皆是轮回。未出轮回而辨圆觉，彼圆觉性即同流转。若免轮回，无有是处。你等诸人，到这里且作么生辨圆觉？’良久曰：‘荷叶团团团似镜，菱角尖尖尖似锥。’” 《五灯》卷１２《文悦》荷叶圆如镜，菱角尖似锥，万法皆有其各自的相状形态，禅者既要知道它们在相状上有区别性，又要看到它们在本性上都是缘生幻象，而不可执着于相状。禅宗认为，“空劫已前，乾坤未剖，凝然一片，非圣非凡。……洎乎世界安立，四姓杂居，憎爱情生，悟迷相返。妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相。譬彼病目，见空中花，造种种业，受种种报。枉流诸趣，旷劫于今。”《续古》卷３《开福宁》在乾坤未剖之时，相对的观念还没有产生，没有圣凡之别。等到憎爱之情生起，“妄心以六尘缘影为心，无性为体，攀缘思虑为相”《宗镜录》卷３，　人生遂开始了漫长的精神的流浪，以致于“劫劫生生轮回不绝，无终无始如汲井轮！”《原人论》禅宗指出，之所以在生死之河中漂流沉溺，是因为不能体证四大五蕴不净之身的空性，为贪爱所驱使，从而失去了生命的解脱自在。《古尊宿》卷１１《楚圆》：“只如四大五蕴不净之身，即无实义，如梦、如幻、如影、如响。从无量劫来流浪生死，贪爱所使无暂休歇。……何故？为无智慧，不能了知五蕴本空，都无所实，逐妄所生，贪欲所拘，不能自在。” 　因此，学道者首先要断绝爱欲之念：“学道之门，别无奇特，只要洗涤根尘下无量劫来业识种子。汝等但能消除情念，断绝妄缘，对世间一切爱欲境界，心如木石相似，直饶未明道眼，自然成就净身。” 《禅关策进》
其次，禅宗指出，人生最大的取舍莫过于爱欲。禅师谆谆开示：“诸人…… 因甚么不肯承当，自家歇去？良由无量劫来，爱欲情重，生死路长，背觉合尘，自生疑惑。”《五灯》卷１５《白兆圭》“识托浮泡起，生从爱欲来。” 《善慧录》卷３与《圆觉经》“欲因爱生，命因欲有”的看法相同，禅宗清楚地意识到生命的本身就是爱欲的结果，因此，要想平息苦海波浪，必须先抽干爱河之水。
但是，禅宗对《圆觉经》“欲脱生死，免诸轮回，先断贪欲，及除爱渴”的观点并不只是被动地接受，而是进行创造性地转化。禅者站在般若空观的立场，指出到了彻悟的境界，欲望当体即空，爱欲不须断，烦恼不须除：
诸佛如来住何所？并在贪YIN爱欲中。今劝断贪YIN爱欲，但是方便化童蒙。贪欲本相真清净，假说空名名亦空。行路难，路难心中非是心。寄语真修无念士，慎勿分别毁贪YIN。《善慧录》卷３
此偈立意奇警，指出诸佛如来也都在贪YIN爱欲之中。佛教中关于断除贪YIN的说教，仅是化导童蒙的权宜之说。从般若空观的立场来看，贪YIN爱欲了无实性可得，因此当体是空，并且连这个“空”也了不可得，故真正修行之人，不可生起贪YIN与清净等一系列对立。
对《圆觉经》的迷人四方易处观、六尘缘影观，禅宗也有透彻之悟。禅宗指出，开悟是回到本源性的状态，认识这种本源状态，就是认识赤肉团上的无位真人，即我们生命深处的原真的自己：“《圆觉》云：犹如迷人四方易处，其实方本不移，悟时亦只依旧。……荐得则赤肉团便是无位真人，不荐则真人依旧面门出入。”《从容录》第３８则本净禅师说：“汝莫执心，此心皆因前尘而有，如镜中像无体可得。若执实有者，则失本原。常无自性。”《宗镜录》卷１延寿很欣赏这种说法，并引《圆觉经》“妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相”、《楞伽经》“不了心及缘，则生二妄想。了心及境界，妄想则不生”、《维摩经》“法非见闻觉知”三经与之印证同上。　宏智《圆觉经颂·金刚藏章》云：
黄金出矿断前疑，岸走舟安觉所欺。动目是渠摇湛水，聚萤无我灼须弥。翳消便见飞华尽，机迅将知击电迟。识得堆堆庵内主，外魔那得到藩篱？《宏智广录》卷８
诗意系隐括《圆觉经》而成。首句“黄金出矿”用《圆觉经》“如销金矿，金非销有。既已成金，不重为矿。经无穷时，金性不坏”意。黄金虽由冶炼而得，实际上早就存在于矿石之中，冶炼之前或之后，金性都存在，是始终不坏的。圆觉妙心也是如此，在生死在涅槃都是存在的，行般若观照，修种种法门，无非是使原有的圆觉妙心显现。“断前疑”是说，佛用这个比喻，断除了金刚藏菩萨 “若诸众生，本来成佛，何故复有一切无明”的疑问，之所以产生这种不合佛法的问题，是由于不知佛性有在缠出缠之别。在缠之时，则有无明；出缠之时，如黄金出矿，既已成金，不复为矿。众生若已成佛，不应再有烦恼。二三句“岸走舟安觉所欺。动目是渠摇湛水”，用《圆觉经》“譬如动目，能摇湛水。又如定眼，由回转火。云驶月运，舟行岸移，亦复如是”意。舟行似箭，舟中人会误以为河岸从两边飞驰而去；极清澈而宁静的水，本来波纹不动，若观看水的人，眼球不停地眨动，便会有湛水动摇的错觉，这是外尘欺骗我们感官的结果。殊不知妄想之云自飞，真月何曾动。攀缘之舟虽泛，觉悟之岸未移：“心本是佛，由念起而漂沉；岸实不移，因舟行而骛骤。”《圆觉经略疏·序》四句“聚萤无我灼须弥”，用《圆觉经》“以有思惟心，测度如来圆觉境界，如取萤火烧须弥山，终不能着。以轮回心，生轮回见，入于如来大寂灭海，终不能至”意，指用思维之心测度如来圆觉境界，犹如用萤火烧须弥山似的徒劳无益。五句“翳消便见飞华尽”用《圆觉经》“譬如幻翳，妄见空华。……生死涅槃，同于起灭，妙觉圆照，离于华翳”意，以眼上翳消，则空中自然清明，而不复有空花显现，喻法眼明澈，遂不复有生死涅槃等对立，而获得无生无灭的圆满观照。六句谓禅者的机用，迅疾无比，连风驰电掣也逊一筹。末联说只要认识了在庵内静静趺坐着的、回光自照的主人翁，就会超越一切烦恼，天魔外道也对他无可奈何。