密宗七世纪渐盛行于印度，后北传唐朝、日本、吐蕃(西藏)等地。就它发展的历史来谈，通常分为前后二期。前期密宗大师从印度来我国传法的，有唐开元年间的金刚智、善无畏二人，还有原籍印度而生长在我国的不空。不空到锡兰(今斯里兰卡)学过密宗。他们三人都翻译过密宗经典。但这些人都偏于仪轨和持诵方面，很少提到禅定修持。《无畏三藏禅要》上只说过如下的方法和效果：

“欲入三昧者，初学之时，事绝诸境，屏除缘务，独一静处……端身正体半跏坐，以右压左(指两手)；木须结．全跏(即双盘腿)。全跏则多痛，若心缘痛缘，即难得定。若先来全蜘坐得者最为妙也。然可直头平望，眼不用过开，又不用全合。大开则心散，合即昏沉，莫缘外境，安坐即讫。……次应学调气。调气者，先想出入息，从自身中一一支节筋脉亦皆流注，然后徐徐从口而出。又想此气色白如雪，润泽如乳，仍须知其远近，还须徐徐从鼻而入，还令遍身中，乃至筋脉悉令周遍。如是出入各令至三，作此调气，令身无患，冷热风等，悉皆安适。”

西藏所传密宗，在前弘期也只有事行两部。其重要经典如事部的《苏悉地经》、《妙臂菩萨所问经》、行部的《大日经》等，在汉文藏经里均存。因此，可以说前期密宗无论是汉土或藏地所传，除了仪轨复杂、事相繁重以外，大体上和显教的止观或禅修相似。通常所说的东密(日本密宗)也不外乎这个范围。但到了后来，就逐渐注重身体的锻练，如宗喀巴在《密宗道次第广论》卷；中曾指出：

“波罗密多乘(指显教大乘)人，所修诸法真实，窝诸戏论(指消除偏执和烦恼)，即修随顺法身(指心理或思想)行相之道，然无修习随顺色身(肉体，即生理)相好庄严行相之道，咒则有之。由是成办利他色身方便，道体上有最大不同，故分二乘。”

以上所说表明显密二教的不同点在于：显教单从思想或心理上去消除偏执与烦恼，密教后期则认为思想或心理法身同生理(色身)是不能截然分开的，单从思想或心理上去断除偏执或烦恼，有时固然可以发生良好的作用，但并不是绝对有效的，因思想或心理要受生理或色身的限制，如果忽略了生理或色身的作用，可能会降低修持的效果。所以，密教修习生理，也就是说，注重锻练身体。密宗在修法的时候要念咒，这也异于显教大乘。

密宗既然注重身体锻练，其研究人体内部也就成为必要。它把脐、心、喉、头顶称为四轮脉，把气息通道称为脉道，描绘它们的形状，说明他们的作用，并阐述它们的流住通道。这一特色在藏密中得到了充分体现。
根据以上历史上流行时代，有学者把密宗修炼内容划分为早斯所传行的前(下)三部瑜伽，与后期流行的无上瑜伽两大类，表列如下：
从藏密来看，唐密只有事、行两部，东密有前三部，独缺无上瑜伽部，藏密四部齐全，且于后弘期各派中，均以无上瑜伽部为主。

在藏密中，还有一种详细的分类：①事部，以持诵真言、结坛、，供养等事相为主，不完全是修持，所以不名瑜伽。②行部，事相、观想并重，宁玛派名之为两俱乘，故可附属瑜伽部。③瑜伽部以五相成身观法为主。④无上瑜伽部，以修脉(尤其是中脉)、风息、明点为特点。这部其中又分为三部：其中父部重修风息，名曰命瑜伽，母部重修明点，名曰勤(精进)瑜伽；无二部重修双运。表列如下：

但是在密法的判定上，要以藏传佛教后弘朗诸多教派中最为古老的宁玛派提出的“九乘”说最为有名。据郭元兴介绍：宁玛派总判世出世法为异生人天乘，颠倒外道乘和真实内道(佛法)乘：在内道中更分为九乘，通常称为九乘次第。初三乘为因乘，即声闻、独觉(缘觉)、菩萨三乘，后六乘为果乘，即事乘、近乘、瑜伽乘，这三乘合为外牟尼续乘；摩河瑜伽乘、阿努瑜伽乘、阿底瑜伽乘，这三乘合为内大密咒乘‘阿底瑜伽也称无二大圆满。大圆满的修法又分三部，即心部、界部和要门部。三部中文以最后的要门部为胜。要门部又分四部，即外部、内部、秘密部和无上部。要门部的无上部又称为“自性大圆满心髓(宁提)金刚藏乘”，简称大圆满心髓(宁提)。大圆满法的全部已胜于下八乘，而这一部法又是大圆满中最深法门，为大圆满的极顶‘所以比大圆满中其余法门还要殊胜。然大圆满心髓又分为两部：一为彻却(义为立断)，一为脱噶(义为顿超)，而脱噶法又比彻却法殊胜，所以在本部法中又以脱噶为最究竟。据上述及其他上师、法本，可得下表：

上述九乘与后起新派的密法比较起来，事乘、近乘、瑜伽乘相当于四部密法中的下三部：事部，作部；瑜伽部，内三乘(内大密咒乘)相当于其它教派所说的第四部：无上瑜伽部。无二大圆满修法中的三部：心部、界部、要门部略分别同于新派中的大手印、五次第(集密法)、六加行(六瑜伽时轮乘法)。但宁玛派仍然认为大圆满法最究竟、最殊胜。

不过，值得注意和修法者须知的是，在藏密中，自从宗喀巴倡“改革”以后，黄教逐渐成为西藏宗教领袖的教派，他倡导的“显密兼修，先显后密”的修法次第已成为藏密各派的共识，并且逐渐形成了严密的教育制度和缓慢升迁的升级或学位制度。这点为汉地佛教所欠缺。如以黄教为例，学僧进入寺院，先进预备班(度札)学习佛学基本知识，然后经过导师认可推荐进入正班。进入正班可按年资逐年升级，级次各寺院不尽相同，哲蚌寺为15级，色拉寺、甘丹寺为13级。在正班学习期要按规定学完显宗五部大论，即法称著《量释论》、慈氏(弥勒)著《现观庄严论八月称著《入中论》、功德光著《戒律本论》和世亲著《俱舍论》。一般情况学完这五部经论需15-20年时间。学习和考核方法主要是背诵和辩论。待正班的功课学完经导师推荐和本人申请，可参加格西学位的考试。格西学位在拉萨三大寺分四等。取得学位的才能进入密宗专修机构棗密院深造。而没有格西学位和外地的僧人想学密宗只能算附读生。在密院修习很严格，每天仅有4小时的睡眠时间。每天4次上殿，最早一殿从深夜两点开始。修习内容主要是密集、胜乐、大威德三金刚及其他一些次要金刚和护法神修法。密院中同样有升迁制度，但更加严格。

至于各教派的修法又各不不同，各有侧重，如后弘期的五大教派：宁玛派以大圆满法为主、，噶当派以阿底峡《灯论》为宗旨，倡显密圆融，萨迦派以道果法为主，噶举派以大手印法为主，格鲁派以五部金刚大法特别是大威德金刚法为主。还有各教派的修习者修哪一部密法、本尊，又各有抉择，种类繁多，如在汉地公开的密法就多达几百种，据说还是冰山上的一个角。从禅定效果看，一般最推祟的是宁玛派(红教)大圆满法和噶举派(白教)大手印法。但各派密法大体均属于印度密宗金刚乘和时轮教的范围之内。各派密宗教义也以《大日经》、《金刚顶经》和《时轮金刚根本经》为主要依据。