通过禅定和与之同类的瑜伽、气功修习，能够健身治病乃至延龄却老，优化、变革生理，是古印度婆罗门教早就宣扬的，《白骡奥义书》即以“身轻得康健”为修习瑜伽的初步效益。道教尤以行气、守一等为祛疾健身、延命长生的要道。佛教显教重在破除世人对肉体的普遍执著贪爱，不大讲禅定的生理效应，但说修习禅定中随心意的寂静，会相应地发生身轻安及呼吸、脉搏、整个机体的新陈代谢减慢乃至停息等生理变化，祛疾健身，是随这些生理变化而来的附带效应。《摩诃止观》卷八云：

　　若善修四三昧，调和得所，以道力故，必无众病。设小违返，冥力护持，自当销愈。……但一心修三昧，众病消矣。

　　说如果善于如法修习天台宗提倡的四种大乘禅定--常行三昧、常坐三昧、半行半坐（方等、法华）三昧、非行非坐三昧，因禅定的作用，必然没有诸病，一心修定必有自然治愈诸病的效用。

　　禅籍中说，修习禅定者若证入初禅未到地以上的正奢摩他，因内气之充盈流溢，能令“身粗重性皆得除灭，能对治彼身轻安性即得生起”。身粗重性，指使身体感到粗重不适的一切障碍，包括疾病、亚健康状态等，随其消除，自然使人感到身体轻快、安泰、舒适，达到健康状态。若进入初禅以上正定，能改变欲界离不开饮食、睡眠、性生活的生理需求模式，有减少睡眠、饮食，乃至多日不吃喝、不睡觉也仍然身体强健、精神饱满。如《憨山大师年谱》载，憨山三十岁时在五台山参禅修定，食物仅有三斗米和麦麸，和野菜食之，半年尚有余。定中发悟后，变得精力超常，在募造转经轮期间，他主持操办，“经营九十昼夜，目不交睫”，而精力充沛，没有睡意。起初主持做水陆佛事七昼夜，他于“七日之内，粒米不餐，但饮水而已，然应事不缺”，大大超越了常人的生理极限。

　　关于在定心中能减少乃至完全不需要饮食睡眠和性生活的机理，有的研究者指出在深定中，人能直接从宇宙中吸收肉体所需的物理能量，不必经过消化吸收饮食精华而将生化能转化为生物能、物理能。佛教禅籍中说，进入初禅以上，超出欲界，可离唯欲界众生所需的吃物质实体饮食的“段食”；进入二禅以上，可离以吃感觉为实质的“触食”；进入四禅以上，可离以吃意愿为实质的“意思食”，唯需“识食”（阿陀那识的执受，生的意志）。

　　佛学还认为，禅定功夫深达一定程度或修某些禅定，有却老延年之效。《阿含经》中佛言：比丘、比丘尼若修禅定，于第四禅基础上修习成就欲、定、精进、观“四神足”，可以随意住寿一劫或一劫有余；《华严经·十地品》说初地菩萨便可住寿百劫，初地以上菩萨寿命地地倍增，长得不可思议。藏密说依无上瑜伽修气、脉、明点的禅定，当修到气入中脉后，可以有身健、力大、容颜鲜泽、足捷、年轻乃至不老、长寿之生理效应，《恒河大手印》称修欲乐定证得乐明无念，可以“长命黑发相饱如满月，光彩焕发力大如狮子”。据有关史料，长期修习禅定的僧尼，其平均寿命要比一般人高出好多，其中有些人如马鸣、龙树、慧昭、纯陀等都是典型的例子，大大超过了现在科学家所说人类的自然寿命。

　　当代有些科学工作者利用脑电、心电等仪器，通过对照组观测法，对气功、瑜伽、禅定作了多种研究，其结果表明，当通过锻炼入定时，人体新陈代谢、呼吸、血液循环、微循环、免疫功能、体温、消化系统等都发生良性变化。机体新陈代谢的减缓和消耗量的降低，则可发生“节能效应”，使人延年益寿。从现代心理学的角度看，在修习禅定过程中尤其是深入正定以后，随着意念和情绪活动的放松、停息，可以令人精神上的紧张和压力得到缓解，使被紧张和压力导致恶化的生理机能得以自行调整，从而产生健身之效，一些以精神紧张和心理压力为主因的疾病可能会逐渐自行痊愈。若修定者持有治病健身的动机，则可能加上自我暗示作用，使禅定祛疾健身的效用更为明显。

　　修习禅定进程中，也可能产生有损健康的负面生理变化，引发生理性的“禅病”。因心意渐趋寂定，身体自行调整，可能使身中潜在的疾病外化，或引发宿疾，如《释禅波罗蜜次第法门》卷六所言：“或本四大有病，因今用心，心息鼓击，发动成病。”这种情况一般发生在禅修的初级阶段，未必是坏事，多会随禅定功夫的加深，不药而愈，也可以医药治愈，用禅定方法对治。修习中不善调摄身心息，也可导致种种禅病，如坐姿不正确会导致脊柱和背部、腰腿等疼痛，调息不当可导致筋脉痉挛或枯瘠瘦弱，系缘、观想、用意不当会导致身中四大不调，表现为上火、身体沉重、头疼、胸闷、浮肿等疾病，此类病用医药治疗往往疗效不佳，最好用相应的禅定方法对治，《摩诃止观》、《禅门口诀》、《大乘要道密集》等禅籍中列举有多种自我调整治疗禅病的方法。修定过程中若受到外界的声响、噪音等惊动，或受人事方面的迫害、毁谤、辱骂等刺激，或生活中心理负担过重，因而恼怒、惊恐、忧虑，也可能引发气满、腹胀、便血、肺胀、便秘、呕吐、消化不良等心身性的禅病，此类病也宜于用禅定调和身心息的方法治疗。对各种禅病，应善知病因，及时对治，“如此等病，初得即治，甚易得差。若经久则病成，身羸病结，治之难愈”。 一心修定，尤其是以正见修观，是治疗各种禅病的灵药。《天台智者大师禅门口诀》卷一云：“但系心在境（修定所缘境），不令他缘，病自差耳。”《释禅波罗蜜多次第法门》卷四云：“般若一观，能治五病。”