藏传佛教传入蒙古地区，可以说是从公元13世纪开始。1247年，蒙古大汗王子阔端在甘肃凉州会见萨迦派教主萨迦班智达.贡葛坚赞大师。这是一次具有深远历史意义的会晤。因为这次会晤不但使西藏地方正式归入中国版图，而且拉开了藏传佛教传入蒙古地区的序幕。从此，蒙古人与藏族人以政教关系为纽带结下了不解之缘。1260年，忽必烈在开平称蒙古大汗之后，向身边的萨迦派高僧八思巴授予“国师”封号，并赐玉印，命他统领天下释教事务；1264年，忽必烈从开平迁都燕京，在中央设立总制院，任命国师八思巴领总制院事，掌天下释教僧及吐蕃之境而治之。是年，忽必又带头在八思巴前受密戒，以示砶依藏传佛教。随之蒙古后妃、皇子和诸王、贵族们也纷纷接受密宗 灌顶，藏传佛教在蒙古宫廷及达官显贵中开始传播起来。1269年，八思巴受忽必烈之命创制蒙古“新字”即八思巴文，同时，八思巴被晋封谓“帝师”和“大宝法王法位”。1271年，忽必烈将燕京定为大都，该国号为“元”，即位称帝。此后，忽必烈更加扶持藏传佛教在蒙古社会中的传播，并在大都、中都开平、上都和林等地建造藏传佛教寺庙，还积极支持八思巴在这些地区举办规模较大的法会。因此，元世祖忽必烈时期，藏传佛教在蒙古和内地得以迅速传播并在社会上享有崇高地位。元朝灭亡之后，藏传佛教在蒙古地区得传播虽然遇到诸多困难，但是仍有不少藏族僧侣在大漠蒙古地区继续开展宗教活动，使藏传佛教在蒙古地区得传播没有中断。
　　最终使蒙古地区完全接受藏传佛教，还是归功于格鲁派。1576年，第三世达赖.索南嘉措应蒙古汉王之遥，从拉萨动身前往蒙古地区讲经传法。1578年，第三世达赖.索南嘉措与蒙古汉王俺答汗在青海仰华寺会面，俺答汗率领上千名蒙古人接受灌顶，并互赠尊号：俺答汗尊称索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达喇达喇嘛”，索南嘉措赠俺答汗为“法王梵天”。从此，索南嘉措及其转世者，以“达赖喇嘛”为尊号成为格鲁派得宗教领袖，而俺答汗则以格鲁派得护持王自居。由于得到俺答汗和蒙古王公们得支持，索南嘉措在蒙古地区得传教活动非常成功，格鲁派在蒙古地区迅速传播开来，并在慈寺（又称大召）。同时，俺答汗又从藏族地区邀请僧到蒙古地区译经传法，而且开创了藏文《大藏经》译成蒙文得工程。
　　第三世达赖.索南嘉措在蒙古地区的传教活动，使蒙古地区的大多王公民众砶依了藏传佛教格鲁派。当时除了土默特首领俺答汗之外，诸如客尔客部的阿巴岱汗、察哈尔部的林丹汗，以及瓦喇四部等皆相继信奉了格鲁派。特别使索南喜措在蒙古圆寂后，俺答汗之孙苏密尔适得一男孩，被奉为索南嘉措得转世灵童，于1592年又得到拉萨三大寺得正式认定，成为第四世达赖喇嘛，取名为云丹嘉措，随后被迎请到拉萨哲封寺。由此使蒙古地区于藏传佛教格鲁派得关系更加密切。
　　1604年，西藏得另一位高僧、觉囊派得罗他赴蒙古地区长期传教，留下了及其深远得影响。他在蒙古地区传教长达30年，深受葛尔葛部得崇敬。多罗那他于1634年在库伦去世。随后，阿巴岱汗之孙土谢图汗适得一子，被确认为多罗那他得转世灵童。1649年，这位灵童进藏在布达拉宫见第五世达赖，并受法戒、当他于1651年返回蒙古时，第五世达赖命其改信格鲁派，授以“哲布尊丹巴”这一大活佛尊号，并派随从六百多名僧侣和各类技工，意在蒙古地区建寺适庙，弘扬格鲁派。正如“第一代哲布尊丹巴温都尔格根，在库伦着手营建七达慈安寺院。......自营建路轮七院寺后，格根于每年巡行各部外，必以若干时月停驻库伦。库伦逐成为哲布尊丹巴呼毕勒罕坐休处。”《外蒙政教制度考》后来历代哲布尊丹巴不仅被奉为蒙古地区最大得活佛或宗教领袖，同时也成为清代格鲁派四大活佛转世系统之一。
　　总之，历代哲布尊丹巴以库伦为其宗教活动中心，大力弘扬格鲁派，从而使藏传佛教早蒙古地区得到广泛传播和发展。