藏传佛教寺院分两类，一类是学院式寺院，一类是禅修寺院。
　　学院式的寺院是按印度那烂陀寺的模式建立的学修为一体的佛教学院。藏传佛教学院式的建制最初形成于11世纪的噶当派桑普寺，后来在萨迦派中也相继建立，其制度的完善应归功于15世纪建立的甘丹、色拉、哲蚌等格鲁派三大主寺。这三个寺院在鼎盛期学僧数量高达2万人，其中哲蚌寺学僧近万人，被称为"雪域那烂陀"。规模较大的寺院中除了显宗学院外，还设有上部密续学院、下部密续学院、时轮学院、喜金刚学院、藏医学院等。
　　显宗学院的学制一般分为13级。其中因明论5(五学年)，般若现观庄严论4(四学年)，中观论2(二学年)，俱舍4(四学年)，律学2(二学年)。学完五大论，共需17个学年，每一学年分4大学期(每学期30天)、4小学期(每学期20天)。每年除了夏季和冬季年关放假10多天外，其余时间各班级学僧都要按规定听课和阅读。读完10～12个学年的学僧，成绩优秀者可以申请格西学位预备资格。进入格西预备名单的学僧，等待多年才能获得正式格西答辩的机会。处于格西学位预备期的学僧，还要按规定广泛研读有关经论，参加辩论。
　　从显宗学院毕业后，可以进入密续学院，攻读密宗学位。密宗学院的学制一般是3至5年。
　　在显宗学院一般设有三级学位：一级然建巴，相当于硕士学位，读完10年就可以申请答辩；二级噶居、多然巴，相当于博士学位，读完五大论后成绩优秀者方可以获得；三级拉然巴，相当于博士后，是最高学位，是在西藏三大寺僧众集会的拉萨祈愿大法会上经过答辩选拔的前10名，由藏传佛教最高权位人士授予学位。
　　密宗学院成绩优秀、通过答辩者，可以获得俄然巴(密宗博士)学位。时轮学院有宰然巴(术学博士)，藏医学院有曼然巴(医学博士)学位。如甘丹寺金座法王的任职者必须具备显密双学位，即拉然巴和俄然巴。各大寺的堪布、首席法座的任职者必须具备拉然巴或者多然巴、噶居等学位。各学院高级班的教授也由有高级学位的著名的善知识担任。学院各班级的教师由学院组织派遣，学员拜师的礼物只是一条哈达，学院和教师不收学费，教师没有工资，教师、学僧的生活费都靠社会信众的供养和布施。
　　禅修寺院一般都是规模较小的寺院，这类寺院没有正规的学制，一般都是以做法事活动和禅修为主。学僧采取单独拜师、分散学习的方式，有时参加经论讲座和传法、灌顶活动。这类寺院在管理上比较松散，来去也比较自由。