15世纪格鲁派的建立，标志着藏传佛教发展到了一个新阶段。格鲁派集以往各教派组织制度之大成，形成了最完备、最典型的藏传佛教的寺院僧侣组织制度。
　　寺庙的组织制度
　　格鲁派具有代表笥的寺院有拉萨三大寺（甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺）、日喀则的扎什伦布寺、青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺。拉萨三大寺是西藏最大的寺庙集团，也是西藏三大领主之一的寺庙主中最大的领主集团。三大寺是西藏政教合一的代表，也是宗教界的最高权力机构。
　　三大寺由“喇吉”、“扎仓”和“康村”三级管理机构组成。喇吉是全寺性的组织，扎仓是寺庙的中坚组织，康村是基层组织。喇吉的总领称“堪布赤巴”。
　　僧人入寺和学经修习制度
　　寺庙内真正能读经的人为数不多，蓁多从事杂务活动、建筑、刻经印经、绘画雕塑、念咒、降神、打卦等。
　　学经的僧人称“贝恰娃”，所能考取的最高学位是“格西”。获得格西资格的僧人可出任僧官、收授门徒、担任寺庙里的职务等，还可以升入上密院或下密院修习密宗。
　　上、下密院是两个对等的密宗高级研习组织，比三大寺的密宗扎仓层次高。按规定，在上、下密院修习的喇嘛，可以逐级升为上、下密院的堪布，卸任后的堪布称为“堪苏”。上密院的堪苏可以升补为甘丹寺夏孜扎仓的法尊“夏孜曲杰”（东峰法尊之意），下密院的堪苏可以升补为甘丹寺绛孜扎仓的法尊“绛孜曲杰”（北峰法尊之意）。而宗喀巴法位“甘丹赤巴”的继承人，则轮流由这两位法尊担任。寺庙内一般普通僧人称称“扎巴”，“喇嘛”是对德高望重，学识渊博僧人的专称。
　　活佛转世制度
　　活佛转世制度是藏传佛教的一大特点。所谓活佛转世，是指活佛圆寂之后，按照他生前提供的线索寻找其“转世灵童”，然后依照一定的程度加以确认，使之成为该话佛的继承人。它是寺庙统治集团为了解决宗教首领人物的继承问题，以灵魂转世说为根据，以寺庙经济、政治关系为基础而形成的一种宗教制度，是用以维护寺庙利益、保持宗教特权、巩固政教合一制度的重要手段。活佛转世制度始于噶玛噶举派，格鲁派在16世纪中叶三世达赖索南嘉措时奕采用迷一制度，后普遍推行。
　　活佛，藏语称“朱古”或“朱白古”（意为化身）。活佛大致分4个等级：最高的活佛是达赖喇嘛和班禅额尔德尼；第二等称为“甲波朱古”，这类活佛有资格担任西藏地方政府的摄政，如“功德林”的济隆活佛、“策墨林”的策墨林活佛、“锡德林”的热振活佛、“丹吉林”的第穆活佛、“策觉林”的策觉林活佛、木鹿寺的第朱活佛等；第三等是寺庙的“扎仓朱古”。
　　凡一、二等活佛都要经历代中央政府的册封，三、四等活佛一般则由三大寺或西藏地方政府批准。清乾隆三大寺或西藏地方政府批准。清乾隆五十七年（1792年）形成以金瓶掣签确认达赖、班禅等大活佛灵童转世的制度，以沿用成为惯例。