开凿时间为471—494年。现编号的第1、2、3、5、6、7、8、9、10、11、12、13窟，或称为孝文时期石窟。孝文帝在北魏延兴元年继位(471年)，他和祖母文明太皇太后都是大力扶持佛教的人物。这时开凿的云冈石窟无论从规模上还是内容上都超过前期，当时所征收的财力物力集中于云冈石窟开凿，所以佛龛的数量和造像数量都急剧增多。

这时期云冈石窟开窟的实际倡导者还是孝文帝和冯太后。冯氏在北魏历史以及云冈石窟开凿上所起的作用是至关重要的。根据文献记载，承明元年（476年）献文帝死，在此以前，孝文帝已在延兴元年继位。初期，孝文帝并无实权，冯氏临朝亲政，大权在握。这种情况一直延续到太和十三年（489年），后来出现“太后之谪”的新情况，太后逐渐失势，十四年冯氏去世。期间冯氏对国事起决定性作用，所以当时称孝文和冯氏为“二圣”或“二皇”。

在他们执政期间，北魏史上发生了一个重大变化，就是孝文帝的汉化改革。其中太和十年的服装改革，对云冈石窟的关系最为重要。南朝士大夫所著的褒衣博带式服装，由皇帝带头穿著，并用行政命令加以推行，这种措施率先在平城地区执行，也首先反映在云冈石窟太和十三年以来的造像上。文献和碑文中都提到一种叫“石祗洹舍”的建筑，根据大同地区出土的一些石雕，特别是根据云冈石窟的窟形和建筑形式，这是一种汉式的楼阁、殿堂式建筑。云冈中期以后，洞窟形制不再是草庐式，而出现了仿木构形式的汉式楼阁、殿堂和佛寺，我们称为屋形龛或屋形窟。

在孝文帝和冯氏的支持下，北魏佛教已经同文成帝复法时主要依据的凉州佛教不同了，更多受到中原（北燕）以及南方佛教的影响。连续出现双窟，规模较大。中期石窟，平面大都为方形且开凿有前后室，这种窟形最早见于龟兹石窟，称为佛殿窟。有的在窟内开有隧道式的礼拜道，如9、10窟。塔庙窟在窟中央立塔柱，这种窟形显然是来源于龟兹石窟的中心塔柱窟和凉州的中心方柱。云冈的变种塔庙窟后来又影响到敦煌的北魏窟。

这一时期的主要特点是：汉化趋势发展迅速，雕刻造型追求工整华丽，出现了许多新的题材和造像组合，侧重于护法形象和各种装饰，石窟艺术中国化在这一时期起步并完成。

形制：平面多呈方形，多具前后室，有的洞窟雕中心塔柱，隧道式礼拜道。壁面：上下重层，左右分段，窟顶多有平棊藻井。造像内容方面，大像的数量锐减，题材多样化，突出了释迦、弥勒佛的地位，流行释迦、多宝佛，佛装交脚弥勒，维摩诘、文殊，出现了佛传故事龛，供养人行列，伎乐天行列以及佛本生、本行故事，门拱两侧雕护法天神。

佛像面相丰圆适中，较清秀。太和十三年前后出现了褒衣博带。菩萨头戴三珠新月冠、花蔓冠，项圈、臂钏、短缨络，服装出现了上着帔帛，下著羊肠大裙。供养人的服装变化也比较明显，早期雕刻是鲜卑装束的夹领小袖式游牧民族的服装，中期则穿上了宽博的南朝汉式服装。这时雕刻衣纹的技法，同一期比相对简化了，采用雕刻较深的直平阶梯式手法。这种衣纹就造型艺术来说，增强了造像的立体感和现实感。

中国传统的建筑形式在这一时期开始出现。如第9、10、12窟窟前列柱，洞开三门，这是当时的檐柱，上雕瓦垅、屋脊，窟壁面雕成仿木构建筑的屋形龛。这种建筑同南方佛寺不同，南方佛寺从一开始就前接木构屋檐，是石窟同木结构的结合。这种屋形龛屋形窟的出现，反映了汉文化因素的急剧增长。北方石窟真正的中国化是从云冈中期开始的，这有多方面的表现，如方形洞窟形制、龛像布局上下重层、造像组合等。

中国传统形式的造像因素的石窟格局，在孝文帝时出现有以下几个原因：A、孝文帝推行了一系列汉化改革政策；B、佛教来源侧重于东方。在孝文帝定都平城后期，就佛教来说不得，非常注重义学和义理，所以这时流行《维摩诘经》、《法华经》、《涅槃经》等大乘佛教思想的佛经，在北魏境内得以流行。孝文帝和冯氏提倡的佛教也和早期凉州系统的禅行、禅修不完全一样，这时已涉及到义理教义了。而佛教义学发达的是东方的徐州城区。这时的徐州城区、北燕城区、龙城城区，是新的佛教来源，给石窟造像增添了新的内容。这时，北魏和西域的关系不如从前，蠕蠕等统治着西域很大一部分城区，孝文帝时西域各国跟北魏往来较少，所以在云冈，第18窟出现了（柔然）“大茹茹可敦”（皇后）的造像龛和题记。孝文帝时期，平城内外佛寺非常兴盛，广建佛寺，见于文献的佛寺，著名的有思远佛寺、报德寺、永宁寺等。所以云冈中期出现这种洞窟形制改变，应该是依照当时平城的寺院，而当时平城的寺院是仿造汉族传统形式修建的，石窟形象的改革反映佛寺形象的改变。这个时期题材多样化，形象趋于清秀，造型趋于工巧，表明汉化因素的增长和西方因素的削弱。就当时政治形势来说，迁都洛阳前的孝文帝时期可以说是北朝鲜魏政权最稳定最兴盛的时期。这多种因素的综合，也就产生了中期样式即所谓“太和样式”。