松赞林寺自建寺以来，由于受到清政府和历代达赖喇嘛以及当地土官的支持，逐渐发展成为香格里拉政治、经济、文化的中心，掌握着香格里拉地方的政教实权。历史上噶丹·松赞林寺与西藏达赖喇嘛噶厦政权和三大寺有着密切的关系。自五世达赖以后的每一代达赖喇嘛坐床，噶丹·松赞林寺都要选一名迪巴、一名念哇去敬贺，参加坐床典礼，噶丹·松赞林寺设有达赖坐床基金，有专人管理。每当有新一代的达赖坐床时，就动用此资金去祝贺。如十四世达赖喇嘛坐床时的赴藏敬贺迪巴是尼西江茂迪巴，念哇是东旺纳拉念哇。回赐的礼品也相当丰厚。凡新剃度为僧的沙弥、转世活佛，都要在本寺学经，尽十年沙弥义务。十年后要到拉萨三大寺受比丘戒后，返回本寺进行政教事务，也有继续留在三大寺学经，争取得到格西学位。凡转世活佛都要在三大寺求学，直至取得拉让巴格西学位，在三大寺布施僧众，承认转世活佛名位，方能回寺当活佛。

　　噶丹·松赞林寺建立以来，就与当地世袭土司“诺苏”和腊咱两家(即当今的松氏和齐氏)结成联盟，订立誓约，双方盟誓要共存共荣，互为依靠，互相支持。这种施主与福田关系，还是一种政治联姻，把政权与教权紧密地结合起来，寺庙靠地方势力加以巩固和发展，土司则靠宗教巩固了自己的地位，对属民实行有力的统治，这种同盟关系一直延续到后来。

　　解放前，香格里拉最高行政机构是“吹云会议”(吹云可直译为施主与福田)，即由官、民、教三方组成的联席会议。“官”即23官员：2个营官，5个千总，16个把总。“民”即l7村的大老民。“教”即大寺活佛、堪布、老僧。这是政教合一的最高组织形式。之下各康参分寺，还有本教区的僧俗联席会议组织，直至各基层行政组织舒卡，又有本舒卡的称为，“明参”僧俗联席会议。噶丹·松赞林寺的政教合一统治制度，直到1958年民主改革时才废除，共延续了279年。