第二届世界佛教论坛于3月31日在台湾六大道场同步进行，其中“佛教的宗派融合”分论坛在佛光山金光明寺盛大展开。
议程于9点30分正式开始，分为“佛教徒要重视宗派和谐”、“契理融和与契机创新”、“试论国际佛光会之禅净密三修法会对宗派融合之意涵”等三个场次进行，计有13位高僧、学者与居士发表论文，现场贵宾云集，含来自中国国际广播电台、法音杂志、禅天下、新华社等18位媒体工作者参与，以及来自慈济及灵鹫山的观察员，佛光山丛林学院师生、胜鬘书院等，与会人数逾百人。
开幕时，由国际佛光会中华总会总会长心定和尚，代表承办单位致欢迎词，和尚表示这次世界佛教论坛在中国无锡开幕、台北闭幕，可以说是自1949年佛指舍利来台后，另一件深具意义的两岸佛教交流大事；心定和尚感谢在灵山梵宫开幕时，受到中国承办单位热烈欢迎，实际参与“佛教与科学”分组讨论时，学习如何利用现代的科学来发扬佛法。这次从大陆无锡转移至台北，星云大师亲自至机场的登机口，欢迎每位来台参与的诸山长老及贵宾，表现了主办及承办单位热烈欢迎之意，并在会中赠与《普门学报．二十世纪佛教文选》一书。
首场议程由香港中文大学人间佛教研究中心主任学愚教授及佛光大学宗教学系专任助理教授释永东法师主持，发表人有心定和尚、日本立正佼成会学林林长篠崎友伸博士、德国佛教联盟主席Vajramàlà之代言人，依序发表“佛教徒要重视宗派和谐”、“立正佼成会开祖庭野日敬的平和思想与法华经观──一乘思想与常不轻菩萨”、“异中求同：促进西方国家各派系间和谐之想法”。
其次，由学愚教授发表“契理融和与契机创新”，佛光寺妙法寺监寺释妙麟法师发表“殊途同归──谈佛教诸宗义理的融合”，佛光山丛林学院女众学部教务长释觉轩发表“以竞合理论诠释六和敬──试论当代佛教组织间的理想互动关系”，以及佛光山丛林学院男众学部专任教师释慧静发表“佛指舍利莅台与文化融和之意义”四篇论文。
最后一场，发表者有佛光山丛林学院女众学部释妙端、释有容、释有堂“试论“国际佛光会之禅净密三修法会”对宗派融合之意涵”及释有慧、释有真“浅谈星云大师宗派融和的思想与实践”二篇。　　与会中，心定和尚以从随喜功德、诸行无常、尊重包容及涅槃寂静谈宗派和谐，说明身为三宝弟子，特别是出家众，对于真正修行或弘扬佛法的宗派，不论是强调文化教育，或偏重社会慈善，总之都是佛教，都应随喜功德；体悟缘起性，万法皆空，以不比较、不计较、不嫉妒、不傲慢，才能与实相相应，才能达到宗派的和谐。
论坛圆满后，主办单位国际佛光会邀请与会学者，经临亚洲第二长公路的雪山燧道，参访位于宜兰的佛光大学及现代弘法大楼“兰阳别院”，领略台湾东部之美，以及更进一步了解佛光山以教育培养人才和以文化弘扬佛法的理念，做进一步的文化及学术交流。

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