成唯识论之初能变识八段十义注释
　　[颂] 初阿赖耶识
　　[论] 初能变识。大小乘教。名阿赖耶。此识具有能藏所藏执藏义故。谓与杂染互为缘故。有情执为自内我故。此即显示初能变识所有自相。摄持因果为自相故。此识自相分位虽多，藏识过重。是故偏说。
　　[释]按照大乘基法师《成唯识论述记》(下简称述记)的解释,此段论文即是解释阿赖耶识的自相。文有三：一显藏义。二即颂名。三释妨难。
　　“初能变识。大小乘教。名阿赖耶。”此显藏义,一般以为阿赖耶识是大乘教法所独有的,其实不然，在小乘教法中，也是异门安立有阿赖耶的：如大众部的根本识、化地部的穷生死蕴、上座部的有分识等皆是此阿赖耶识的异门安立。这个问题可以参看《成唯识论》卷三,《摄大乘论》卷一。
　　“此识具有能藏所藏执藏义故”,此即释藏义，阿赖耶是梵语，玄奘三藏译为藏，具有能藏、所藏、执藏三个意思。（注：据徐梵澄所译LEVI本《安慧疏》云：“此中属一切杂染法种子所依者，为阿赖耶。阿赖耶与依，同类异名。复次，此中摄藏一切法为果性，一切法中摄藏此为因性，是为阿赖耶。”从此段疏文来看，相当于成唯识论中所说的能藏所藏，但文中无执藏义，而《述记》中却把执藏义判为正解，由此可见安慧、护法二师的差异。）
　　“谓与杂染互为缘故”。此句是解释能所藏。所谓的能藏，是从阿赖耶识持种这个方面讲的，阿赖耶识能执持七转识三性诸法的种子。那么种子相对于赖耶而言，就是所藏，赖耶就是能藏。比如储存货物的仓库，仓库为能藏，货物就是所藏。如《述记》所说:
　　“能持染种,种名所藏。此识是能藏”。所以《同学抄》卷二说:“持种边是能藏也。”。
　　所谓的所藏.是从阿赖耶识受熏这个方面讲的,如《述记》所言:“是杂染法所熏，所依染法名能藏，此识为所藏。”阿赖耶识被七转识所熏习,那么七转识三性诸法就是能藏，赖耶就是所藏,故《同学抄》中说“受熏边是所藏义也”。
　　“谓与杂染互为缘故”。此中显示阿赖耶识和诸杂染法是互为因果的。这两重因果是唯识学中建立赖耶缘起的最核心的理论。其主要依据是已经失传了的阿毗达磨大乘经，如阿毗达磨大乘经中说:“诸法于识藏,识于法亦尔,更互为果性,亦常为因性”。此颂即是说明赖耶与诸法互为因缘。
　　关于这个问题，在《摄大乘论》卷二中有详细的说明：“复何缘故，此识说名阿赖耶识？一切有生杂染品法，于此摄藏为果性故。又即此识，于彼摄藏为因性故，是故说名阿赖耶识。”
　　由阿赖耶识所执持的种子，能生起现行的杂染品法。从这个方面，阿赖耶识就是杂染法的因，杂染法就是果。在唯识学中，心、心所、色都是从第八识中所蕴藏的等流种子为因缘而生起的，而种子又是本识的相分非余，本识是能执持杂染诸法习气的种子识，所以从因性的种子和诸杂染法现行的关系来说，赖耶是因，杂染是果。这是第一重因果。
　　阿赖耶识又能受现行七转识的熏习（注：这里说七转识，是简别不具备能熏资格的异熟心心所、色、无为等），从这个方面讲，诸杂染法就是因，阿赖耶识就是果。这是第二重因果。
　　在这里我们有必要注意一点，在唯识学里，这两重因果是同时而有的，正是所谓的“三法展转，因果同时”，第八识中所蕴藏的种子，在众缘合和的情况下，会生起各自的现行，当在种子生起现行的时候，就叫做种生现，种子是因，现行是果。这因果必定是同时的，所谓的俱时而有。（注：在这里问题上，唯识古学和今学有着不同的见解，这里是护法论师的观点，难陀论师另有一番意见，难陀认为：要种子灭时，现果方生，因果是异时而有的，兹不赘述，详见述记。）
　　在种生现的同一刹那，由种子而生起的现行又熏出新的种子于本识中，这叫做现熏种。现行是能熏，种子是所熏，现行是因，种子是果。
　　这种生现、现熏种是在时间上是同一刹那，俱时而有的，这就是成唯识论所说的“三法展转，因果同时”。摄大乘论中有一个非常形相的比喻：种生现如炷生焰，现熏种如焰生焦炷。这样的展转生烧，也就是赖耶缘起万法的最根本道理。
　　“有情执为自内我故”。此句为解释执藏义，赖耶虽有能藏、所藏、执藏三义，其中以执藏为正义的，如《述记》言：“义虽具三。正取唯以执藏为名。”
　　一切有情的第八识，恒被第七末那见分执为我，此第八识恒时相续，没有间断，是一切有情轮转生死的异熟总报，所以被第七末那识误认为“常、一、主宰”的我，生起爱染，故名我爱执藏。（注：第七识虽亦通俱生法执，此处所说的执藏，但说生起烦恼障的我执。）从执藏义上来说，第七识是能执藏，本识是所执藏。
　　“此即显示初能变识所有自相。”此即第二即颂名，“初能变识”就是第八识。“自相”，按照述记的解释就是自体相，阿赖耶能藏诸杂染诸法的习气，就是因义；七转识复能熏习阿赖耶识产生新的种子，也就是指赖耶所藏这一方面，就是果义。离开着自体相，第八的因果二义是完全不可得的！
　　“摄持因果为自相故。”那么什么是自相那？自相就是总相，因果就是别相，在阿赖耶能持诸杂染法种子这方面，就是因性；在阿赖耶识能受七转识熏习，就是果性，总摄这因果二义就是自相，如《摄大乘论世亲释》卷二云：“此中安立阿赖耶识自相者，谓缘一切杂染品法，所有熏习，能生于彼，功能差别识为自性。为欲显示如是功能故说摄持种子相应，谓依一切杂染品法，所有熏习，即于彼法为能生因。摄持种子者，功能差别也。相应者，是修义。是名安立此识自相”
　　什么是摄持那？摄是包容含盖的意思，是指包容因果二性于一体就是阿赖耶识的自相。持是依持的意思，是说因果二性是依于自相而存在的，所以如果离了自相是没有因果二性可得的。阿赖耶识是摄持因果二性为自体的。所以阿赖耶识是以自相为体相，因果二相为义相的。（以上说法为慈恩正义，据《了义灯》传，西明圆测关于体相和义相的问题，有二种异解：一、自相是体相，余二是相状；二、三俱是体相。）关于摄持的问题，《述记》中有非常明确的解释：“摄是包含义，包二为一故，持是依持义，以总为别所依持故。别为总所包，总为别所依，故名摄持。”
　　“此识自相分位虽多，藏识过重。是故偏说。”此即第三释妨难，此第八识的自相虽然有我爱执藏现行位、善恶业果位、相续执持位，（据《宗镜录》卷四十七中所列举第八识体相有八：瑜伽论云，以八种义，证本识有：依止执受相、最初生起相、有明了性相、有种子性相、业用差别相、身受差别相、处无心定相、命中时分相。），但在这三分位中，是以我爱执藏现行位中的藏识过失最为重大，所以论主偏说藏识为此第八识的自相。
　　第八识的自相共有三位：
　　一、我爱执藏现行位：此即是被末那识起我爱执之分位，第七识的见分无始时来恒执第八见分为“常、一、主宰”的我，而起爱染，是为俱生我执，使有情沉溺轮回，不能出离，乃至二乘有学、大乘七地菩萨，皆此位摄故。到了八地以上的菩萨和二乘无学，第七识不再生起俱生我执的现行，方舍此我爱执藏现行位，不名阿赖耶识了。
　　二、善恶业果位：在这位中，此识名毗播迦，义为异熟。即是被善恶异熟业所招感的无记果体，也是一切有情轮转生死的总报，从大乘来说从于无始乃至十地最终之金刚心菩萨；小乘到证得无学果的阿罗汉，皆此位摄。直至佛果，此识纯善无漏，不再是被善恶业所招感的异熟无记果体，，方舍此善恶业果位，不名异熟识了。
　　三、相续执持位：在这位中，此识名阿陀那，义为执持，谓能执受任持诸色心种子及根身等而不坏失，从无始乃至佛果，无有尽时。（注：《成唯识论》卷三中对此阿陀那识概念的界定为执持、执取、执受三义，谓：“以能执持诸法种子，及能执受色根依处，亦能执取结生相续。”，而《摄大乘论》中阿陀那识仅具二义：“此识亦复说名阿陀那识？执受一切有色根故，一切自体取所依故”。其中并无执持种子之义。）
　　此第八识的分位虽有多种，然其体是一，阿赖耶识居于三位中的初位，过失最为严重，所以论主偏说为本识自相。
　　二、果相门
　　[颂] 异熟
　　[论] 此是能引诸界趣生，善不善业异熟果故，说名异熟。离此命根、众同分等恒时相续胜异熟果，不可得故。此即显示初能变识所有果相。此识果相虽多位多种，异熟宽不共，故偏说之。
　　[释] 此段为初能变识八段十门中的果相门，于中有四：一显异熟义，二简他宗，三即颂名，四释妨难。
　　“此是能引诸界趣生，善不善业异熟果故，说名异熟。”此即第一显异熟义。什么是异熟？异熟就是一切有情由引业所感的总报果体。一切众生由前六识所造善恶业的习气，牵引此第八识到三界、五趣、四生去感受苦乐异熟果报，有情如在过去世中行五戒、十善等业，由于善业的牵引，本识就能招感人天异熟乐果；如在过去生中多行不善业，由于恶的业力牵引，此第八识就能招感三途异熟苦果。
　　论中所说的能引，是指引业，那么所引的，就是此第八识。《述记》说：“总善．恶业之异熟果说名异熟。”此中说的异熟，但指一切有情的总报，亦叫做真异熟，唯指第八识，正如《摄大乘论》所说：“此中安立阿赖耶识果相者，谓即依彼杂染品法，无始时来所有熏习，阿赖耶识相续而生”。做为别报的前六识异熟无记的业果一分，但名异熟生，不名异熟。
　　那么什么叫做真异熟那？据《枢要》所说真异熟必须要具备三义：
　　一、业果：就是酬善恶业因的无记之果，所谓的因是善恶，果唯无记。有情的总报必定是无记的，所以才能受善恶的引业牵引，轮回三界九地，酬感苦乐果报。
　　二、不断：不断就是相续的意思，一切有情的总报，必定是相续不断的，如前五识的不恒起和第六识在五无心位上都是有断绝的，所以都没有做真异熟的资格。
　　三、遍三界：在欲界、色界、无色界中，无不遍有，假如总报的果体不能三界中遍有的话，则有情则必于不能遍有的一界而失去了果体，如此便有严重的过失。
　　在八识中，前五识虽具有业果一义，但却不是恒时而起，不具不断义，色界二禅便无五识，不具遍三界义；第六识虽具有业果和遍三界二义，却不具备不断义，因为在五无心位，意识是不现起的；第七识虽然恒时不断和遍于三界，却不是善恶的业力所感生，缺少业果一义；所以具备三义的只有第八识，才有资格成为真异熟，成为一切众生生死轮回的总报。
　　“离此命根、众同分等恒时相续胜异熟果，不可得故。”此即第二简他宗，显示离开了此第八识体是没有真异熟可得的，“恒时相续胜异熟果”是指一切有情不断不常的真异熟果体，“恒时”是简断，“相续“是简常。“胜异熟果”即是指做为一切有情总报的真异熟。小乘部派所计的离此第八识的命根，同分等是一切有情的胜异熟果是完全不可得的！
　　在小乘部派中，对于究竟什么是一切有情生死轮回的总报体（真异熟），众说分纭：一切有部认为命根和同分是一切有情的真异熟；化地部认为别有穷生死蕴是一切有情的真异熟；大众部认为根本识是一切有情的真异熟；上座部分别论者认为有分识为真异熟。那么在大乘唯识家看来，这些都是没有资格作为一切有情的真异熟的。（注：小乘部派之中，尚有犊子部执补特伽罗、说转部所执胜义补特伽罗、经部譬喻师执细心说等）
　　一切有部所计的命根、同分等，在大乘唯识家看来，是依色心假立的心不相应行法，如《大乘五蕴论》云：“云何命根。 謂於眾同分中。先業所引。住時決定為性。云何眾同分。謂諸有情自類相似為性”。命根是由此第八识的自体分种子假立的，如《成唯识论》卷一说：“然依亲生此识种子，由业所行功能差别，住时决定，假立命根”； （注：大乘唯识家对萨婆多师离识别有命根的观点，曾以“离识无别难”；“如受非根难”；“假为他诘难”来问难。）同分则是在第八识身心分位上而假立的，《成唯识论》卷一说：“然依有情身心相似，分位差别，假立同分”。（注：大乘唯识家对萨婆多师所计亦以“内外相同难”、“能所无差难”、“宿因非假难”三难破之。）如《瑜伽论》五十二卷中约界、趣、生、种类、分位、体性、容色、形貌、音声等差别而建立同分。无论是命根还是众同分都是有间断的，不能恒时相续生灭的，离开第八识并无自体可得，所以是没有资格做为一切有情的真异熟的。
　　而化地部的穷生死蕴、大众部的根本识、上座部分别论者的有分识，在大乘唯识家看来这些并不是离来本识而别有的，都是此第八识的异门安立，离开了第八识是无体可得的。如《摄大乘论》说：复次声闻乘中。亦以异门密意已说阿赖耶识……于大众部阿笈摩中。亦以异门密意说此名根本识。如树依根。化地部中亦以异门密意说此名穷生死蕴。有处有时见色心断。非阿赖耶识中彼种有断。阿赖耶如是所知依。说阿赖耶识为性。阿陀那识为性。心为性。阿赖耶为性。根本识为性。穷生死蕴为性等。由此异门阿赖耶识成大王路”。
　　“此即显示初能变识所有果相”。 此为第三即颂名，异熟识就是第八识的果相，也是一切有情由引业所招的真异熟果，如上文所说，离此之外是别无真异熟可得的。在唯识学里，异熟分为两种：一种是引业所招的真异熟，也就是此第八识，是做为一切有情生死轮回的总报；另外一种是满业所招的异熟生，也就是前六识的业果一分，是作为一切有情一期生中贫贱、富贵、好丑等现象的别报的。为什么叫做异熟生那？是因为前六识的异熟无记的业果一分是依第八识真异熟而生起的，如《述记》言：“以此六识，从第八识真异熟起，名异熟生。” 为什么异熟生不名真异熟？有二义：一、异熟生是从第八识的真异熟生起的，真异熟是主故；二、因为前六识的异熟无记的业果一分是有简断的，所以不能成为一切有情的真异熟总报。
　　“此识果相虽多位多种，异熟宽不共，故偏说之。”此即第四释妨难。多位者：本识的果相分位有五种：一、异生位；二、二乘有学位；三、二乘无学位；四、十地菩萨位；五、如来位。多种者：此谓五果中除离系果外的等流、增上、士用、异熟四果（注：《述记》：“有义具四果。除离系果此可具有。谓前望后为等流果。同时心所望此心王名士用果。种子生时亦名士用。故论下言如俱有因得士用故。亦名增上果。异熟果可知。有义具三。除士用果。五蕴假者所得名士夫果。由此本识具三．四果故言多种“）。为什么说此第八异熟识在多位多种中是宽不共的那？因为在第八识果相的五种分位中，除第五如来位外（注：佛果无熏习，故在佛位无异熟无记果），异熟是皆通于其他四位的。一切众生从无始一直到十地最终之金刚心菩萨，是都有异熟果的，所以说此异熟识为宽；在有漏位的等流、增上、士用、异熟四果，前七识乃至根尘也是具有等流、增上、士用三果的，只有此胜异熟果才是此第八识不共而有的，所以说不共。是故论主偏说此第八识的果相为胜异熟！（注：关于什么是此第八识的果体相，述记中说，除相分外的见分、自证分、证自证分三分，并第八识的自种子，为果相体。第八识的相分，及余种，非真业果。以不恒相续故。）
　　三、因相门:
　　[颂] 一切种
　　[论]此能執持諸法種子令不失故名一切種，離此餘法能遍執持諸法種子不可得故。此即顯示初能變識所有因相，此識因相雖有多種，持種不共是故偏說。
　　[释] 此段为八段十义中的因相门，于中有四：初、解因相；二、简他宗；三、即颂名；四、释妨难。
　　“此能執持諸法種子令不失故名一切種”，此即初解因相，什么是因相那？就是此第八现行阿赖耶识能执持一切诸法种子，令种子完好无损的保存在本识中不坏失，所以名一切种识，此识的因相，也就是种子识。现在从现行识能持种这方面来说，种子是所持，本识是能持，所以此现行的第八阿赖耶识为因相。
　　在这里要清楚的是：此第八识无论是的种子还是现行是皆通因相的，从现行来说：第八现行识望于所持的种子和现行七转识是做为依持因的，现行识望于所持的种子，此现行识为能藏，种子为所藏，种子依持在此第八现行识中，是故此现行识是为种子的依持因；那么七转识无论是现行和种子都是依于本识的，是故此现行识为七转识的依持因。如《述记》所说：“现行为种等依持之因”；从种子来说：蕴藏在第八识中的种子是生起一切杂染法的亲因。是故此第八识的种子和现行都是通于因相的。
　　“離此餘法能遍執持諸法種子不可得故”。此即第二简他宗，离开此第八识，其他的心、心所、色、不相应、无为能遍执持一切诸法种子是根本不可得的！第八识外的心、心所、色都是有间断的（注：与第八识相应的五遍行心所虽然是恒时的，却不具备自在义，因为依于心起，不为主故）；不相应行是没有实体的假法；无为法是无生灭、常住坚密的；都不具备执持种子和受熏的资格。
　　在小乘部派中，经部的譬喻师是认为色心可以相互持种的，他们认为色根中可以执持心、心所法的种子和自四大种的种子；心心所（注：经部不承认有第八识的存在，此处心心所但指六识心心所）也能执持色根的种子，这样可以相互为缘。他们的理由是：在进入无心二定或者无想天的时候，是没有心识生起的，但是却不能没有心识的种子存在，那么心识的种子究竟寄存在那里去了那？他们认为只能由色根执持，否则出无心二定或从无想天下生，心识因为没有种子就不能生起，由此推论，色根能执持心识的种子；当有情生到无色界的时候，无色界是没有色法存在的，那么色法的种子寄存到那里去那？他们认为只能由心、心所来执持色法的种子，否则有情从无色界下生，因为没有色法的种子，色法就不能生起，由此推论，心心所能执持色的种子。（注：经部师认为内六根、六识展转、前念望于后念、熏识刹那种类都是可以受熏的。如《演秘》说：“经部师计，总有四类，一、本经部计内六根是所熏性（中略）；二、六识展转而互相熏；三、前念熏后；四、类受熏。）
　　对于经部譬喻师所执色心持种说，大乘唯识家立量破之：
　　宗：彼不能持一切种子
　　因：非第八识故
　　喻：如外色等
　　“此即顯示初能變識所有因相”。此即第三即颂名，以上即显示了此第八识的所有因相。那么因相中的六因、十因都是因相，此中何故但說持種唯有現行识？
　　“此識因相雖有多種，持種不共是故偏說”。此即第四释妨难。此识的因相虽然十因或六因之多，但是只有持种因是不共于其他的，所以论主在此偏说。
　　在六因中（注：此六因说为一切有部旧说，后为大乘瑜伽行派所采用，依吕澄《印度佛学源流略讲》第二章所述：“关于六因的学说，是有部的一个创作。其他部派不但没有此说，就连名目也没有。这一学说渊源是那儿来的呢？据有部自己讲，是从综合佛经中各种不同说法总结出来的。在六因中，很明显地看出有部特别注意心法，如将相应因放在第一位，讲心与心所和其他法的相应。又六因中的前五种，可以包括一切因缘，后一种，就概括了四缘中的后三缘。由于有部一方面讲四缘，另方面更注意对因的分析，因而使因缘的学说更加完备了。他所以获得‘说因部’的称号，是不为无因的”。），此第八识是具备除了遍行、异熟二因外的其他四因：即是同类因、相应因、俱有因、能作因，所谓的同类因就是前念的现行识望于后念的现行识，是为同类因；从自识的名言种子，生起现行识，种子为因，现行为果，双取因果，是为俱有因；第八识能生起同时的遍行等五心所，是为相应因；所谓的能作因，范围非常宽泛，持种因即是此因中摄。以上四因都可以通于余法，唯有能作因中的持种因不共他法，是故论主偏说持种为此识不共因相。（注：关于十因的问题，成唯识论卷七中有详细说明，据《枢要》中说，现行第八识望于诸法有“观待、摄受、同事、不相违”四因；种识望于诸法有“观待、牵引、生起、摄受、引发、定异、不相违”八因。）
　　[論] 初能變識體相雖多，略說唯有如是三相。
　　[释] 此为结三相门。在此第八识体上虽变为见相二种相状，或为清净种子所依，或为等流果等种种果相，或为同类因等种种因相，虽然体上种种义相很多，但是从第八识的自证分来说，但有三义，就是因相、果相、自相。
　　[论] 一切種相應更分別，此中何法名為種子？
　　[释] 此为广分别因相，于中有三，一、初发问；二、广释；三、总结。此为初发问，上来虽然已经说明了第八识能执持一切诸法的种子，但是种子究竟是什么，还没有进一步的给予说明，关于什么是种子，本论会在下面的广释中十門分別種子。
　　[论] 謂本識中親生自果功能差別。
　　[释] 此为广释，此中以十门分别种子，现在是第一出体门，什么是种子那？就是在第八阿赖耶识中能够亲生一切三性诸杂染法现行的功能差别。此中“本识”是显示种子的所在，也就是此第八阿赖耶识，因为离开本识其余诸法是没有受熏和持种的资格的。这是简别经部譬喻师所计的色心持种说，详见上文；“亲生自果”是谓种子可以亲生三性诸法的自类等流果法，也就是同类因引等流果。这是简别异熟因，因为异熟因望所生果是不能称为种子的，比如说异熟因望异熟果来说，只能为增上缘，异熟因是善恶，异熟果是无记的，不是自品亲生，所以望自果不名种子。这里说的种子，但指能亲生自品果法的等流种子，善的种子生善的现行，恶的种子生恶的现行，无记的种子生起无记的现行，能为诸杂染法为亲因缘，同类相生是名亲生，所以说叫亲生自果；“功能差别”这是简别现行的七转识，现行的七转识对于所熏的种子而言，虽然是为因缘和亲生果，但是却不能称之为功能，因为七转识是现行的识而不是潜在的功能，所以用功能来显示种子的潜在性。
　　[论] 此與本識及所生果不一不異，體用、因果理應爾故。
　　[释] 现在是十门分别种子的第二门一异分别门。种子与能持种的第八识及种子自所生的现行果法究竟是什么样的关系那？本论从体用门来解释种子和赖耶的关系：种子与阿赖耶识可谓是不一不异的，因为什么那？阿赖耶识是体，种子是识体上的作用，体是用之体，用是体之用。如果从摄用归体的角度来说，阿赖耶识是无记性的，种子是体上的作用，种子也是无记性的，所以说是不异的；如果从种子能亲生三性诸法的角度来看，那么种子既然是三性诸法的亲因，也必然是三性的，所以如果从体用别论的角度来说，阿赖耶识是无记性的，作为三性诸法的亲因的种子是善、恶、无记三性的，所以说是不一。由此可见蕴藏在阿赖耶识中的种子于本识的关系是不一不异的。种子与现行的关系来说，同样是不一不异的，本论用因果门来解释种子与现行不一不异的关系：种子是因，现行是果，三性的现行诸法是为蕴藏在阿赖耶识中的三性种子所亲生，善的种子生善的现行，恶的种子生恶的现行，无记的种子生无记的现行，种子是诸法的亲因缘，现行诸果是种子所亲生之果法同类因生等流果，是为亲生，从将因属果这个角度来说，种子与现行可说是不异的；如果从因果别论的角度来说，虽然三性诸法望于种子而言，三性诸法是现行的果法，种子是蕴藏在第八识中的隐性的因，现行的果法是显现的，种子是隐性的，自然也就是不一的。由此可见种子与现行的关系是不一不异的。
　　在唯识学上关于种子与赖耶及现行诸法的关系，在其他的论典中也有所论述，无著的《摄大乘论》中偏重于体用门来解释赖耶与种子的非一非异关系，如《摄大乘论》云：“阿赖耶识中，诸杂染品法种子，为别异住？为无别异？非彼种子有别实物于彼中住，亦非不异”。无性的《摄大乘论释》中对此解释道：“一切种子是阿赖耶功能差别，如法作用与诸法体非一非异”；在《瑜伽师地论》中则是偏重于用因果门来解释种子与现行非一非异的关系。瑜伽五十二云：“种子云何？非析诸行别有实物名为种子，亦非余处。然即诸行，如是种姓，如是等生，如是安布，名为种子，亦名为果。果与种子不相杂乱，若望过去，诸行即此名果。若望未来，诸行即此名种子。望彼诸法，不可定说，异不异相”。本论则融会了《摄论》和《瑜伽》的两论，建立了因果和体用二门来说明种子与赖耶及现行诸法不一不异的关系。
　　【论】雖非一異而是實有，假法如無非因緣故。此與諸法既非一異，應如瓶等是假非實。若爾真如應是假有，許則便無真勝義諦。
　　【释】此为十门分别第三假实分别门。上文说到种子与所依的第八识和自己所生的现行果法是不一不异的，那么种子是实有还是假有的那？论主在这里回答道：种子虽然和第八识及所生果法是不一不异的，而却是实有的。为什么那？如龟毛兔角一样的假法，是不能够作为诸法的因缘的。假法是没有自体可得的，既然是龟毛兔角的假法，怎么可以生起真实的法那？所以不能为诸法的因缘。种子却不同，种子是诸法的因缘。诸法从种子而生，诸法是实有的，由此推论，种子也是必定实有的。此处所说的实有是针对心不相应行法（注：心不相应行虽然也是依他起性，但是确是在色心法上分位假立，于实法上而假施设的，故也是假法。）和遍计所执性而言，并不是有离心而存在的实我实法。
　　主张无相唯识的安慧论师认为，心识只有自证分是依他起性的，见相二分都是遍计所执性摄，在安慧看来，种子即是识的相分，因而是为假有，并没有自体可得的（注：《述记》中多处皆言安慧持种子体假说，今查LEVI本安慧《三十唯识疏》并无此义，另据圆测所传，持种子体假者为月藏论师。依《学记》云：“述曰：等三假实门。测云：西方二释，一月藏等说，是假非实，自体分上，有能生用，名为种故，如摄大乘：非彼种子别有实物，于此中住，亦非不异。然五十二，说实物者，约所依说。二护法等说，是实非假。说实物故，假无自体，如兔角故，然附识体说无实物，故月藏等比瓶之量。基云清辩安慧等难也，论主反质，真如应假立，与外人做不定过，清辩若许真如亦假，不起似空华难，便去真谛，然简事理，不同真如。”）；中观自续派的清辩依自宗所计“胜义皆空，世俗假有”，种子属于世俗谛，自然是假有的。是故安慧和清辩提出问难：种子既然和诸法不是一也不是异，那么就应该像瓶等一样是假法而不是实有的，因为世间的瓶等是假果体，是由色等聚集而成，离开色法，瓶是没有自体可得，瓶和实色的关系也是非一非异的,由此可以推论出种子也是假有的。对此论主反难道：如果向你们所说的那样，与诸法不一不异就是瓶等一样的假法的话，那么真如也应该是假法，因为真如是一切法的法性，与诸法的关系也是不一不异的。所以按照你们的逻辑，真如也应该是假法。如果你们承认真如是假法，并解释说：“因为真如是不生起的，就如同不生起的空华一般，空华是假法，那么真如也是假法”（注：清辩认为无为法是没有真实性的，在《掌珍论》中曾立量阐明观点：“宗：无为无有实；因：不起；喻：似空华）。照你们所说的这样便没有了真胜义谛（注：真胜义谛但指真如，蕴处界等是通于真俗二谛的，所以不名真胜义谛），那么世俗谛又相对什么而建立？众生又凭什么求趣涅盘？这便是拨无二谛！佛说为不可治者，沈沦生死病根深故。
　　【论】然諸種子唯依世俗說為實有，不同真如。
　　【释】此即第四门二谛分别门。种子既然是实有，那么岂不同不生灭的真如没有差别了吗？那又如何能作为一切杂染法的亲因那？种子和真如有着很大的不同，种子只可在世俗谛中说为实有，属于四重二谛中的道理世俗谛，相对世俗世俗谛而言（注：世间世俗谛，是说瓶衣、车乘、舍宅、军众等，我、有情等。此等假法，只是迷情上所生的妄相，堕在虚伪之中，所以叫作世间；世人都说是实有，依俗情安立名字，所以叫作世俗。只有假名，无其实体，所以也叫作有名无实谛。），可说是实有的。如在胜义谛上，则为假有。为什么那？种子虽然也通于胜义谛，但是却为世间胜义谛，相对胜义胜义谛而言，属于安立胜义谛，所以说种子虽然通于胜义谛，而在胜义谛上却为安立的虚妄假法。真如则不同，真如属于胜义谛中的胜义胜义谛，是超绝言诠的不可安立法，为圣者无分别智自内所证，在二谛之中，是为真实有的。